El 14 de junio de 1738, la campesina Maria Lory vio, lo que ella pensó eran lágrimas, salir de una estatua de madera de Cristo flagelado. Este milagro generó una avalancha de peregrinos que querían ver la estatua. En 1740, se construyó una pequeña capilla para albergarla, pero pronto este edificio resultó insuficiente para acomodar al número creciente de peregrinos. El cercano monasterio de Steingaden comisionó la construcción de la presente iglesia.

La construcción y decoración de la iglesia de Wies se realizó entre los años 1745 y 1754 por los hermanos Dominikus y Johann Baptist Zimmermann, bajo la dirección del abad del monasterio de Steingaden, Marinus Mayer. El interior está decorado en un elaborado estilo rococó, con trabajo de estuco de la escuela de Wessobrunner. La pintura del altar mayor fue realizada por el pintor de la corte de Múnich, Balthasar August Albrecht. Las figuras de los grandes teólogos de Occidente (San Jerónino, San Ambrosio, San Agustín y San Gregorio Magno), son el trabajo del escultor tirolés, Anton Sturm. El órgano, reconstruido en 1957, está en la caja original hecha por Johann Georg Hörterich. La superficie aplanada de la cúpula está pintada con un fresco trampantojo. "Todo lo posible se hizo a través de la iglesia, para hacer lo sobrenatural visible. Esculturas y murales se combinan para revelar lo divino en forma visible".[1]​

En el marco de la secularización de los bienes de la iglesia por el estado de Baviera en los años 1802 y 1803, la iglesia de Wies y sus contenidos, estaban destinados a ser subastados y el resto demolido. La oposición de los campesinos locales logró salvar la iglesia y permitir que las peregrinaciones continuaran.

Tras ser designada Patrimonio de la Humanidad en 1983, se emprendió una restauración completa de la iglesia que duró de 1985 a 1991 y que costó 10,6 millones de marcos. Hoy en día la iglesia es visitada por más de un millón de visitantes al año y es lugar de frecuentes conciertos musicales. La iglesia es la sede de la "Confraternitas Domini Nostri Flagellati" (Fraternidad de Nuestro Señor Flagelado), dedicada a honrar el flagelamiento de Cristo, que tiene 350 miembros entre clérigos y laicos. Hasta el día presente, personas que han orado frente a la estatua de madera de Cristo flagelado en el altar, proclaman haber recibido sanaciones milagrosas.