La leyenda tradicional keralita proclama que Parashurama, avatar de Visnú, lanzó su hacha en el mar. Consecuentemente, la tierra de Kérala se presentó y fue reclamada de las aguas. El registro escrito conocido más antiguo que mencione a Kérala es el poema épico sánscrito conocido como Aitareya araniaka. Más adelante, figuras tales como Katiaiana (hacia el siglo IV a. C.) y Patañjali (hacia el siglo II a. C.) muestran en sus escritos una familiaridad ocasional con la geografía de Kérala.

En el año 77 a. C., el antiguo filósofo romano Plinio el Viejo menciona en su Naturalis historia (6.26) a Muziris (quizá las modernas Kodungallur o Pattanam) como primer puerto de la India. Más adelante, el autor desconocido del Periplo por la mar Eritrea observa que "Muziris y Nelkunda (moderno Kottayam) son ahora lugares ocupados".

Tanto el budismo como el jainismo, además del cristianismo nestoriano llegaron a Kérala muy pronto (de los nestorianos es derivada la actual Iglesia católica siro-malankara cuyos integranrtes suelen ser llamados familiarmente mapila —hermano—). Estas creencias convivieron con las del shivaísmo. En este estado —al igual que en el resto del sur de la India— la presencia del brahmanismo fue siempre marginal.

En 1498, el navegante Vasco da Gama llegó a Kérala procedente de Portugal. Estableció la primera fortaleza europea en Cochín (1503) lo que sirvió a los portugueses para establecer un mayor control de las rutas utilizadas para el comercio de las especias.

Los holandeses vieron que el control de este próspero negocio estaba en peligro y consiguieron expulsar a los portugueses de sus fuertes.

A principios del siglo XVII, los ingleses se establecieron de un modo consolidado en la zona de Kérala. El control británico no desapareció de este estado hasta la llegada de la independencia del país en 1947.

El moderno estado de Kérala se creó gracias a la amalgama de tres regiones: el reino de Travancore, el reino de Cochín y la provincia de Malabar. Thiruvithaamcoore y Cochín, antiguos estados principescos, se unieron el 1 de julio de 1949 para formar Thiru-Kochi. Malabar se unió a Thiru Kochi el 1 de noviembre de 1956 para formar el actual estado de Kérala.

Kérala es uno de los pradesh o estados federales de la India actual con más baja natalidad, esto se atribuye a su elevado grado de escolaridad, por el cual cada mujer keralí actualmente tiene solo un hijo.