Brujas ha sido ciudad desde el siglo XI. Hacia 1050, la constante sedimentación fue cerrando la importante salida de la ciudad al mar. Por suerte, una tormenta en 1134 creó un canal natural de salida. Este hecho y la importante y emergente industria de la lana hicieron que la ciudad creciese enormemente, construyéndose sus murallas bajo el patronazgo de los condes de Flandes. La entrada de la ciudad en la Liga Hanseática, una federación de comercio de ciudades de Alemania, de Escandinavia y de los Países Bajos, sólo trajo más beneficio a una ciudad que se convirtió en una de las más ricas de Europa.

La entrada de Flandes como parte del Reino de Francia en 1297, y la resistencia a aceptar las políticas provenientes de la corona por parte de los flamencos, resultó en un aumento de las tensiones sociales, las cuales empeoraron con la encarcelación por parte de Felipe IV de Francia del conde de Flandes y el nombramiento de un nuevo gobernador.

El 18 de mayo de 1302, tras haber sido expulsados de sus hogares para poder acoger a las tropas del ejército francés, el pueblo de Brujas volvió a la ciudad, instigados por Joan Breydel y Peter de Coninck, y asesinó a cualquier francés que lograron encontrar. Cuenta la leyenda que identificaban a los franceses haciéndoles pronunciar la frase “schild ende vriend” (escudo y amigo), una frase muy identificatoria por la pronunciación de los habitantes de la región. Al parecer, los franceses tenían muchas dificultades en pronunciar el sonido [sx] de schild. Dicha masacre es conocida como los Maitines de Brujas.

Felipe IV de Francia mandó una fuerza para acabar con los insurrectos, enfrentándose a ellos y a las fuerzas del Conde de Flandes en la batalla de las Espuelas de Oro, en la que los franceses sufrieron una tremenda derrota. El establecimiento de Felipe III, el bueno con su corte en la ciudad, trajo una prosperidad cultural importante a la ciudad en el siglo XV. En esta época estuvieron en el exilio en la ciudad Ricardo III y Eduardo IV de Inglaterra. También en esta época William Caxton imprimió en Brujas el primer libro en inglés. Los comerciantes venecianos y genoveses, como los Arnolfini llegan a la ciudad en 1314 y en 1409 crean la primera bolsa.

En 1477, a la muerte en la batalla de Nancy de Carlos el Temerario, la ciudad pasó a formar parte de los Países Bajos de los Habsburgo, sufriendo las consecuencias de la guerra de Sucesión de Borgoña. Maximiliano I restringe los derechos de la ciudad, que cae en decadencia, en favor de Amberes.

Durante la guerra de los Ochenta Años, estuvo en poder de los neerlandeses, desde 1577 hasta el 20 de mayo de 1584, cuando pasa a los Países Bajos Españoles.