Colmar es mencionada por primera vez en el siglo IX. Ciudad imperial libre miembro de la Decápolis Alsaciana, conoce un rápido desarrollo al final de la Edad Media y el Renacimiento. Durante la guerra de los Treinta Años fue ocupada por las tropas suecas en 1632[1]​ y en octubre de 1634 por las francesas. Firmada la Paz de Westfalia, recuperó de nuevo su posición de Ciudad imperial. Durante la guerra franco-neerlandesa cambió de bando varias veces, francesa en 1673 e Imperial al año siguiente, hasta que en enero de 1675 es conquistada por Enrique de la Tour d'Auvergne-Bouillon, después de su victoria en la batalla de Turckheim.[2]​ El tratado de Nimega legalizará la anexión francesa.

En el año 1871 Colmar fue anexada al Imperio alemán y de nuevo devuelta a Francia tras la firma del armisticio de 1918. Posteriormente la ciudad volvió a ser anexada a la Alemania nazi durante la Segunda Guerra Mundial, para finalmente volver bajo jurisdicción francesa el 2 de febrero de 1945, al finalizar la batalla de la bolsa de Colmar.