Se sabe que el lugar fue ocupado desde la época romana gracias a excavaciones recientes que han descubierto varios vestigios que se remontan a principios del siglo I a. C.

La primera mención al castillo es del año 1050 (siglo XI), donde se cita que pertenece al condado de Besalú. Durante el siglo XII, en el año 1115 la iglesia es donada al priorato de Serrabona. Posteriormente, en el 1162 la fortaleza pasa a pertenecer al condado de Barcelona.

 Vista general del castillo "bajo" o primitivo de Peyrepertuse.

En la cruzada contra los cátaros, Guillem de Peyrepertuse no quiso someterse y fue excomulgado en 1224. Después del fracaso del sitio a Carcasona, Guillem finalmente se sometió y el castillo pasó a posesión real francesa, en noviembre de 1240.

Dos años más tarde, el rey Luis IX de Francia ordenó reconstruir la Torre del homenaje, la iglesia y construir la escalera que lleva su nombre (escalera de San Luis) además de una nueva fortificación, un segundo castillo, en la parte más alta de la cresta rocosa con una nueva torre del homenaje.

Durante la guerra del reino de Francia con la corona de Aragón, Peyrepertuse desarrolló un importante papel como bastión defensivo y estratégico de la frontera sur del reino francés, confirmado en 1258 por el Tratado de Corbeil.

A mediados del siglo XIV, el rey de Francia Carlos V, autoriza a Enrique de Trastámara, en aquel momento pretendiente a la corona de Castilla, a refugiarse en el castillo tras la derrota en la batalla de Nájera.

Declarado como lugar fronterizo por el Tratado de los Pirineos (1659), Peyrepertuse fue ocupado por una pequeña guarnición comandada por oficiales subalternos hasta ser abandonado definitivamente durante los primeros años de la Revolución francesa. Vendido como Bien Nacional en 1820, no es hasta el año 1950 que se inician las primeras campañas de consolidación del monumento.