El emplazamiento del castillo estuvo ocupado a finales de la Edad de Bronce, como lo atestiguan las cerámicas a mano y bruñidas recuperadas arqueológicamente.

Posteriormente, bajo época de dominación musulmana, durante el siglo X y el siglo XI el lugar volvió a estar habitado, según indican las cerámicas localizadas durante las excavaciones, aunque no nos han llegado restos constructivos. Aun así sería un pequeño edificio sobre el espolón rocoso de rodeno que corona el recinto actual del castillo.[1]​

Con la expansión del Reino de Aragón al sur del Ebro hacia el Mediterráneo, el territorio de Peracense fue conquistado hacia 1150, pero es en la Baja Edad Media cuando su importancia estratégica se acrecienta por su posición limítrofe entre los reinos de Castilla y Aragón y de los señoríos de Albarracín, Molina de Aragón y Comunidad de Daroca. El castillo se amplió y reformó a lo largo del siglo XIV, una vez que pasa a ser propiedad de la Comunidad de Aldeas de Daroca, convirtiéndose en uno de los puntos fuertes de la frontera con el Reino de Castilla.

La fortaleza perdió su importancia tras la Guerra de los Dos Pedros y tras su transferencia a la Comunidad de aldeas de Daroca, fue convertida en cárcel de la Comunidad de aldeas de Daroca para sufrir después un periodo de desgaste y abandono. Fue reocupada en 1830-1833 durante la Primera Guerra Carlista por un destacamento militar liberal, el cual lo adaptó y reconstruyó parcialmente para adaptarlo a las necesidades de la artillería, lo que alteró los lienzos de la muralla y eliminó edificios interiores, dificultando así la lectura del monumento.[1]​ Las excavaciones arqueológicas han hallado abundante cantidad de objetos de este período.