En 1994 los arqueólogos Jesús Sesma y María Luisa García catalogaron en 267 los yacimiento localizados en este espacio, «de los que 129 tienen ocupación en época protohistórica y 56 en época histórica» centrando su atención «en la Edad del Bronce y época romana por ser las más relevantes en hallazgos».[1]​ A esta abundancia de yacimientos de la época del Edad del Bronce y del Hierro cabe sumarse una continuidad en época romana alcanzándose la cifra de 45 yacimientos y rompiendo con la consideración de zona deshabitada que sostenía la bibliografía tradicional.[2]​ Esta presencia romana, tuvo al valle del Ebro uno de los ejes principales de comunicación motivado, especialmente, por la presencia de dos grandes núcleos como Caesaragusta y Pompælo. Bajo la administración de tales territorios quedaban las Bardenas.

En las prospecciones arqueológicas de la zona se han hallado varios vestigios romanos en un total de 41 yacimientos, clasificados en sendas etapas altoimperial y bajoimperial.[3]​[4]​ Los caminos trashumantes son sucesores de las vías romanas como ya primero, en 1928, Julio Altadill y después varios investigadores del tema.[5]​ El itinerario de Summo Pyrenaeo a Cascante, nombre de la vía romana propuesto por Altadill, atraviesa la Navarra actual de norte a sur por su costado oriental.[6]​

Las Bardenas se convirtieron en límite entre los reinos cristianos y los musulmanes. El nacimiento del reino de Pamplona primero y de Navarra después, y la guerra de conquista de los reinos musulmanes, la Reconquista, fue conformando el hecho de que los territorios de las Bardenas quedaran en manos reales y que fueran cedidos, para su aprovechamiento, a diversas entidades. La ayuda en las batallas por parte de los habitantes de los valles pirenaicos se vio compensada con la cesión, para el pasto de los rebaños de ovejas en invierno, de las llanuras de las Bardenas a los Valles del Roncal y Salazar. Esta concesión de privilegios ya se dio por el rey Sancho García en el año 882 a los del Valle de Roncal por su ayuda en la lucha contra los musulmanes. Esto es prueba fehaciente de que para ese tiempo ya estaba configurado y delimitado el territorio de las Bardenas y que el mismo ya figuraba como patrimonio real.

El Valle de Roncal fue el primer congozante de las Bardenas; pronto se unirían otros, pero con diferentes privilegios y diferentes motivos. Algunos podrían realizar labores agrícolas y ganaderas, otros podrían aprovechar la leña. Los objetivos buscados por la corona podían ser desde pagar los favores y servicios prestados hasta fomentar el asentamiento de nuevos colonos para la repoblación de las tierras recién conquistadas.

Sobre la presencia de asentamientos, más allá de los propios vinculados al sistema de fortalezas, atalayas y castillos, se han computado, al menos, 15 yacimientos arqueológicos.[7]​

La incorporación del reino de Navarra en Castilla no provocó cambios en la organización de las Bardenas. La titularidad se mantuvo en la Casa Real, ahora castellana, y se siguió dando concesiones y ampliaciones de anteriores. En alguna ocasión, como en los casos de Peralta, Funes y Falces, estos derechos fueron comprados previo pago al rey.

La necesidad de recursos económicos por parte de la corona para solventar los gastos de la guerra de Sucesión llevaron a los veintidós congozantes a ofrecer al rey (mediante el virrey) el pago de 9000 pesos en contraprestación de la cesión a perpetuidad y en exclusiva del aprovechamiento de las Bardenas. Felipe V concedió el derecho a perpetuidad y en exclusiva en 14 de abril de 1705 previo pago de 12 000 reales de ocho, a la comunidad de congozantes.

El aprovechamiento fue principalmente ganadero hasta comienzos del siglo XX. En 1915 comienza a cambiar la situación y, al ser la agricultura la actividad principal, las Ordenanzas van cambiando para adaptarse a la nueva situación. En el año 1926 comienza un pleito que tiene como finalidad la división de las Bardenas, en el fondo de ese pleito estaba el auge de la actividad agrícola en contraposición de la ganadera. El Tribunal Supremo rechaza cualquier posibilidad de división en sentencia de 1930, zanjando el pleito.

Las posteriores Ordenanzas, en el 1935, así como sus modificaciones, fueron encaminadas a ordenar la relación de los usuarios con las parcelas asignadas y la posibilidad de transmisión, por herencia, de esos derechos. En 1965 se introducen restricciones en el pastoreo en campos de viña y remolacha y se permite el uso de corrales y chabolas por cualquier usuario. También se restringe el derecho al cultivo al cabeza de familia y se permite la transmisión de los terrenos cultivados. También los alcaldes pierden atribuciones que pasan a los órganos de gobierno de la Comunidad.

En 1967 se introduce en la Ordenanza que los usuarios deban de residir, al menos, nueve meses al año en los pueblos congozantes. Esta medida se endurece en 1969 cuando se exige que deben estar inscritos en el padrón municipal por más de 10 años para poder ejercer el derecho de aprovechamiento. Estas medidas intentan preservar los derechos a los vecinos de los pueblos congozantes y mantener su número. De esta forma quien abandone el pueblo pierde el derecho al aprovechamiento y quien vaya a él debe esperar diez años a obtenerlo.

En 1985 se regula el cultivo del espárrago y se modula la transmisión de intrevivos reconociendo el derecho de siembra de todos los mayores de 18 años vecinos de las entidades congozantes, suprimiendo así la limitación a la siembra del cabeza de familia.

En mayo de 2007 se introducen cambios significativos al cambiar las temporadas de pastos, que se hacen coincidir con el año natural, otorgar derecho de disfrute exclusivo a los titulares de los corrales y permitir plantar frutales y olivos. En la misma reunión donde se aprobaron las modificaciones a las Ordenanzas, se acordó instalar una huerta solar en colaboración con Acciona Solar. Este hecho da comienzo a un nuevo aprovechamiento de las Bardenas que viene a continuar el ya perdido de la recogida de leña haciendo del territorio bardenero fuente de recursos energéticos.[8]​