Desde la antigüedad hasta el siglo xv  Plano del Fuerte de San Juan Bautista en el siglo xix.

La ocupación humana de la Berlenga Grande (única isla habitada) se remonta a la antigüedad, llamándose, Λονδοβρίς, Londobris, mencionado por Ptolomeo en Lusitania. El nombre se descompone en "londo-bri (ga)", que significa "fortaleza de Londos". Más tarde fue bautizada como isla de Saturno por los geógrafos romanos. Los fenicios y lusitanos pudieron haber conocido el archipiélago y lo utilizaron como puerto de refugio.

Posteriormente el archipiélago fue visitado por navegantes árabes, vikingos, corsarios franceses e ingleses. La presencia de barcos romanos y vikingos ha sido comprobada por restos de anclas que datan del siglo i al siglo v encontrados en el fondo del mar. Los piratas ingleses también frecuentaban el archipiélago, así como corsarios de Argel. El barco de García Dias, que llegó de la India, fue capturado alrededor de Berlengas.

Desde el siglo xv hasta la actualidad  Embarcadero y casas en Berlengas

En 1513, con el apoyo de la reina Doña Leonor, se establecieron allí monjes de la Orden de San Jerónimo con el propósito de ofrecer auxilio a la navegación y a las víctimas de los frecuentes naufragios en aquellas costas, asoladas por corsarios. Se fundó así el Mosteiro da Misericórdia da Berlenga, en el local donde, desde 1953, se yergue un restaurante. La escasez de alimentos, las enfermedades y los constantes asaltos de piratas y corsarios marroquíes, argelinos, ingleses y franceses, hicieron imposible la vida de retiro de los frailes, a menudo incomunicados debido a las inclemencias del mar, por lo que esta comunidad religiosa fue trasladada en 1545 a un nuevo monasterio dedicado a Nuestra Señora de la Concepción, en el municipio de Óbidos.

Desde su integración en territorio portugués, el archipiélago ha conocido a varios propietarios, alternando entre la Corona Real y los distintos propietarios a los que se ha cedido este territorio: el Infante D. Fernando (1433-1449); El infante D. Henrique (1449-1460); D. Jorge de Vasconcelos (1512–?); El Monasterio de Nuestra Señora de la Merced (? - 1545); Condes de Atouguia da Baleia (1617-1759).

Según los datos disponibles, fue en el siglo xv cuando se instaló un grupo de pescadores, que posteriormente aumentó en número. Unas décadas más tarde, durante el reinado del rey Felipe II de España, la estrategia de fortificación del país llevó a la construcción del Fuerte de San Juan Bautista de las Berlengas, cuya obra fue iniciada en 1654 por el rey Juan IV de Portugal.

En 1941, se construyó el distrito de Pescadores para albergar a los pescadores locales. Algunas de estas casas ahora son frecuentadas por veraneantes; algunos terminaron ocupándolos de forma permanente y otros construidos en concesión. Entre 1950 y 2008, sin embargo, el distrito cambió poco, solo se construyeron unas pocas casas y el puerto fue remodelado.

El archipiélago fue el escenario de la película O Rei das Berlengas (El Rey de las Berlengas), dirigida en 1978 por Artur Semedo, con Mário Viegas como actor principal. Esta comedia presenta a alguien que lucha por la independencia de los Berlengas contra Portugal.