El complejo de la fortaleza de Ananuri era la sede de los eristavis (Duques) de Aragvi, una dinastía feudal que gobernó la zona desde el siglo XIII. El castillo fue escenario de numerosas batallas.

En 1739, Ananuri fue atacado por las fuerzas de un ducado rival, al mando de Shanshe de Ksani y se le prendió fuego. El clan Aragvi fue masacrado. Sin embargo, cuatro años más tarde, los campesinos locales se rebelaron contra el gobierno de Shamshe, matando a los usurpadores e invitando al rey Teimuraz II para que gobernara sobre ellos. No obstante, en 1746, el rey Teimuraz I de Kajetia tuvo que reprimir otra insurrección campesina, con la ayuda del rey Heraclio II de Georgia. La fortaleza se mantuvo en uso hasta principios del siglo XIX.

En 2007, el complejo entró en la lista provisional para su inclusión en el programa de Patrimonio de la Humanidad de la UNESCO.[1]​