Shatili fue una vez parte del reino de Kajetia. Según el historiador daguestaní Iman Muhammad Gubdenski, la aldea era parte de Kistetia, mientras que los shatilianos eran ellos mismos kists según él.[1]​ Y según el experto caucásico Adolf Berger, en 1858 las sociedades de Arjotiopi y Shatilioni hablaban el dialecto kist del checheno.

Su población, junto con la de la mayoría de Jevsuretia, fue reasentada bajo presión de las autoridades soviéticas en las llanuras a principios de los años cincuenta.[2]​ En la década de 1960, el paisaje exótico de la aldea vacía se usó como escenario para una serie de películas georgianas sobre la vida pasada de los montañeses.[3]​

En 1970, un sindicato especial de empresas científicas y de restauración inició aquí los trabajos de restauración y en 1972, se realizó un estudio arqueológico de las 12 torres. El 24 de octubre de 2007, Shatili fue añadido a la lista tentativa de Patrimonio de la Humanidad de la UNESCO.[4]​

Shatili todavía está habitada por una docena de familias, pero es inaccesible por carretera durante el invierno. El pueblo es uno de los destinos favoritos para los turistas y excursionistas de montaña. Después de 2014, muchos residentes regresaron al pueblo, pero se establecieron cerca del casco histórico y fundaron un nuevo barrio.[5]​