Η πρώτη ανθρώπινη παρουσία στο αρχιπέλαγος της Σοκότρα χρονολογείται από τη Λίθινη Εποχή, με ευρήματα εργαλείων στην περιοχή κοντά στο Χαντίμπο, τα οποία αποδίδονται στον πολιτισμό Ολντοουάι.

Η Σοκότρα στα ιστορικά χρόνια εμφανίζεται με την ονομασία Διοσκουρίδου νήσος, στο ελληνικό ναυτικό βοήθημα Περίπλους της Ερυθράς Θαλάσσης, τον 1ο αιώνα μ.Χ. Η σύγχρονη ονομασία Σοκότρα δεν συνδέεται με την ελληνική, αλλά αποδίδεται στη σανσκριτική έκφραση ντβίπα σουκχαντχάρα, που σημαίνει νησί της ευδαιμονίας. Αναφέρεται ότι το νησί ανήκε στον ηγεμόνα της Λιβανωτοφόρου χώρας, που αντιστοιχεί στο σημερινό Ομάν. Στο νησί κατά την αρχαιότητα δεν υπήρχαν ούτε αγροτική παραγωγή ούτε αμπέλια ούτε σιτοβολώνες. Δεν αναφέρεται ύπαρξη ιθαγενών. Οι μόνοι κάτοικοι ήταν Ινδοί, Άραβες και Έλληνες μετανάστες. Οι κάτοικοι αντάλλασσαν τεράστιες ποσότητες οστράκων χελώνας, που ήταν άφθονα στο νησί τους, με αγροτικά προϊόντα και δούλες από Ινδούς εμπόρους της Βαρύγαζας και τη Λιμυρικής.

Η τοπική παράδοση αναφέρει ότι οι κάτοικοι προσηλυτίστηκαν στον χριστιανισμό από τον Απόστολο Θωμά το 52 μ.Χ. Τον 10ο αιώνα ο Άραβας γεωγράφος Αμπού Μοχάμεντ Αλ Χασάν Αλ Χαμντανί αναφέρει ότι εκείνη την περίοδο η πλειοψηφία των κατοίκων της Σοκότρα ήταν χριστιανοί. Το αρχιπέλαγος αναφέρεται στα ταξίδια του Μάρκο Πόλο, σύμφωνα με τον οποίο "οι κάτοικοι είναι βαπτισμένοι χριστιανοί, με θρησκευτικό ηγέτη που είναι υπόλογος ενός επισκόπου στη Βαγδάτη". Οι κάτοικοι ανήκαν στο νεστοριανό δόγμα, αλλά παράλληλα ασκούσαν μαγικές τελετές με αρχαία προέλευση.

Το 1507 ένας στόλος με κυβερνήτη τον Τριστάο ντα Κούνα και τον Αφόνσο ντε Αλμπουκέρκε αποβίβασε μια στρατιωτική δύναμη κατοχής στην τότε πρωτεύουσα Σουκ, με στόχο να ιδρύσει μία πορτογαλική βάση για να περιορίσει το αραβικό εμπόριο από την Ερυθρά θάλασσα στον Ινδικό ωκεανό, αλλά και να απελευθερώσει τους χριστιανούς νησιώτες από τη μουσουλμανική εξουσία. Αν και η δύναμη κατασκεύασε ένα οχυρό, δεν έγινε ευπρόσδεκτη όπως προέβλεπε, και μετά από τέσσερα χρόνια τελικά εγκατέλειψε τα νησιά. Επίσης, αναφέρεται και η παρουσία Σομαλών ναυτικών στο νησί κατά περιόδους.

Το αρχιπέλαγος πέρασε στην εξουσία των σουλτάνων Μαχρά το 1511, ενώ αργότερα, το 1886, έγινε βρετανικό προτεκτοράτο παράλληλα με την υπόλοιπη επικράτεια του Κισν και της Σοκότρα των Μαχρά. Για τη Βρετανία, η Σοκότρα αποτέλεσε έναν σημαντικό σταθμό διέλευσης μεταξύ των αποικιών τους και η στρατηγική της θέση είχε αναγνωριστεί ιδιαίτερα.

Το 1967 το σουλτανάτο των Μαχρά διαλύθηκε και έναν μήνα αργότερα η Σοκότρα έγινε τμήμα της Λαϊκής Δημοκρατίας της Νότιας Υεμένης. Σήμερα αποτελεί νησιωτικό αρχιπέλαγος της Δημοκρατίας της Υεμένης. Επίσης, κάθε χρόνο σημειώνονται επιθέσεις από περίεργα θαλάσσια όντα σε τουρίστες. Χαρακτηριστικό είναι ότι το 2011 και μόνο κατά τους θερινούς μήνες επτά τουρίστριες ευρωπαϊκής κυρίως προέλευσης εξαφανίστηκαν κατά τη διάρκεια θαλάσσιων σπορ.[εκκρεμεί παραπομπή]