Υπήρξαν πολλοί διαφορετικοί κάτοικοι στην περιοχή του Μπολσόν. Ωστόσο, οι πρώτοι οικιστές της περιοχής ήταν οι τσόνεκ. Κατά την παράδοση ήταν κυνηγοί/συλλέκτες και εποχιακά νομάδες. Ήταν συνήθεια γι' αυτούς να μένουν στις πιο προστατευμένες περιοχές των δασών και των λιμνών κατά τη διάρκεια του χειμώνα και να κυνηγούν πιο εντατικά γουανάκος κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού και του ζεστού φθινοπώρου. Πολύ λίγα είναι γνωστά γι' αυτούς πριν από τον 16ο αιώνα, αλλά μέσω της διαδικασίας του Αραουκανισμού επηρεάστηκαν έντονα από τους Μαπούτσε. Ήταν ο πιο συμπαγής και συνεκτικός πολιτισμός γύρω τους και κέρδιζαν έδαφος προς την ανατολική Παταγονία, τόσο με ειρηνικά μέσα όσο και με επεκτατικούς πολέμους.[1]

Η πόλη αυτή δεν ιδρύθηκε από κανέναν κατακτητή, αντελαντάντο (Ισπανός ευγενής) ή εξερευνητή. Η περιοχή αυτή χρησίμευσε απλώς ως τόπος διέλευσης για τις μεταναστεύσεις των κοινοτήτων των τσόνεκ, των υπεράνθρωπων που αναζητούσαν θηράματα καθώς και των συλλεκτών για μεγάλο χρονικό διάστημα. Στη συνέχεια, αποτέλεσε αμιγώς έδαφος των Μαπούτσε. Αργότερα, με τις πρώτες εισβολές των Ευρωπαίων στην περιοχή, παρείχε επίσης προσωρινό καταφύγιο σε όσους μετέφεραν βοοειδή και κτηνοτρόφους διασχίζοντας την κορδιλιέρα με κατεύθυνση ανατολή-δύση και αντίστροφα, από τη μία ακτή της θάλασσας στην άλλη. Αυτό, καθώς και η επέκταση της Αργεντινής στην περιοχή, είχε ως αποτέλεσμα συχνές συγκρούσεις και διαφωνίες με τους Μαπούτσε.[2]

Η ημερομηνία ίδρυσης του Ελ Μπολσόν θεωρείται η 28η Ιανουαρίου 1926. Εκείνη την ημέρα οι ντόπιοι συγκεντρώθηκαν στο σπίτι του Καντίντο Αζκόνα, αποφασίζοντας να δημιουργήσουν την πρώτη πολιτικά διοικητική οργάνωση στην περιοχή και υπογράφοντας το καταστατικό της Επιτροπής για την Προώθηση του Ελ Μπολσόν.[3]