Το όνομα Λίνταου αναφέρεται για πρώτη φορά από ένα μοναχό του Σανκτ Γκάλεν σε έγγραφο του 882, σύμφωνα με το οποίο ο Αδαλβέρτος, κόμης της Ραιτίας, είχε ιδρύσει γυναικεία μονή επάνω στο νησί. Υπάρχουν πάντως και κατάλοιπα ρωμαϊκού οικισμού του 1ου αιώνα μ.Χ. στη γειτονική περιοχή του Έσαχ (Aeschach).

Το 1180 ιδρύθηκε ο ναός του Αγίου Στεφάνου, ενώ το 1224 οι Φραγκισκανοί ίδρυσαν και ανδρικό μοναστήρι πάνω στο νησί. Το 1274/75 το Λίνταου ανακηρύχθηκε «Αυτοκρατορική Ελεύθερη Πόλη» υπό τον βασιλέα Ροδόλφο Α΄ της Γερμανίας. Το 1430 περίπου 15 Εβραίοι της πόλης κάηκαν ζωντανοί κατηγορούμενοι για τη δολοφονία ενός παιδιού Χριστιανών[1][2]. Το 1528 το Λίνταου αποδέχθηκε τη θρησκευτική Μεταρρύθμιση, πρώτα την Τετραπολιτανή Ομολογία και μετά την Ομολογία της Αυγούστας. Μετά τον Τριακονταετή Πόλεμο, το 1655 οργανώθηκε η πρώτη «Εορτή των Παιδιών» (Lindauer Kinderfest) στη μνήμη των χρόνων του πολέμου.

Μετά τη διάλυση της Αγίας Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας του Γερμανικού Έθνους, το Λίνταου έχασε την ιδιότητα της Αυτοκρατορικής Ελεύθερης Πόλεως το 1802 και πέρασε στην εξουσία του κόμη Καρόλου Αυγούστου φον Μπρέτσενχαϊμ, ο οποίος έδωσε την πόλη και το μοναστήρι στο Βασίλειο της Αυστρίας το 1804. Το επόμενο έτος όμως η Αυστρία επέστρεψε το Λίνταου στη Βαυαρία.

Το 1853 κατασκευάστηκε ένα φράγμα για να συνδέσει τον σιδηρόδρομο από το Μόναχο με το νησί. Το 1856 κατασκευάσθηκε ένα νέο λιμάνι με χαρακτηριστικό του το γλυπτό ενός λιονταριού μαζί με τον μοναδικό φάρο ολόκληρης της Βαυαρίας.

Το 1922 οι ανεξάρτητες κομητείες του Έσαχ, του Χόιρεν και του Ρόιτιν συγχωνεύθηκαν με την κομητεία του Λίνταου. Μετά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο η πόλη υπάχθηκε στη γαλλική διοίκηση και απετέλεσε μέρος αρχικώς του κρατιδίου Βυρτεμβέργης-Χοεντσόλερν και μετά της Βάδης-Βυρτεμβέργης. Το 1955 επιστράφηκε στη Βαυαρία.