Το Ναλάντα άνθισε υπό την αιγίδα της αυτοκρατορίας Γκούπτα (Gupta) τον 5ο και 6ο αιώνα και αργότερα από τον αυτοκράτορα Χάρσα ( Harsha ), της πόλης Kannaui[1], πρωτεύουσας της Βόρειας Ινδίας. Οι φιλελεύθερες πολιτιστικές παραδόσεις που κληρονόμησε από την εποχή των Γκούπτα, είχαν ως αποτέλεσμα μια περίοδο ανάπτυξης και ευημερίας μέχρι τον ένατο αιώνα.

Στο απόγειό της, η σχολή προσέλκυσε επιστήμονες και φοιτητές ένθεν κακείθεν, μαζί με κάποιους πολυταξιδεμένους από το Θιβέτ, την Κίνα, την Κορέα και την Κεντρική Ασία.

Μεγάλο μέρος της γνώσης μας για το Ναλάντα προέρχεται από τα γραπτά προσκυνητών μοναχών από την Ανατολική Ασία, όπως ο Xuanzang και ο Yijing οι οποίοι ταξίδεψαν στην Mahavihara τον 7ο αιώνα.

Ο Βίνσεντ Σμιθ (Vincent Smith) παρατήρησε ότι «ένα λεπτομερές ιστορικό του Ναλάντα θα ήταν ιστορικό του Μαχαγιάνα Βουδισμού». Πολλά από τα ονόματα που αναφέρονται από τον Xuanzang στο οδοιπορικό του ως υλικό σχετικό με το Ναλάντα, είναι τα ονόματα εκείνων που ανέπτυξαν τη φιλοσοφία της Μαχαγιάνα[1]

. Όλοι οι φοιτητές του Ναλάντα μελέτησαν Μαχαγιάνα, καθώς και τα κείμενα των δεκαοκτώ βιβλίων του Χιναγιάνα Βουδισμού, που θεωρούνται ως αιρετικά. Στο πρόγραμμα των σπουδών τους περιλαμβάνονταν επίσης άλλα θέματα, όπως οι Βέδες, Λογική, σανσκριτική γραμματική, Ιατρική και Σαμκύα[Σημ 1].

Το Ναλάντα είναι πολύ πιθανό να λεηλατήθηκε και να καταστράφηκε από το στρατό της Μουσουλμανικής δυναστείας των Μαμελούκων υπό το κράτος του Μπακτιγιάρ Khilji, το 1200 μ.Χ..

Σφάλμα αναφοράς: Υπάρχουν ετικέτες <ref> για κάποια ομάδα με το όνομα «Σημ», αλλά δεν βρέθηκε καμία αντίστοιχη ετικέτα <references group="Σημ"/>