Η πρώιμη ιστορία της μονής δεν είναι γνωστή με βεβαιότητα. Η παράδοση που τη συνοδεύει τοποθετεί την ίδρυσή της τον 6ο αιώνα από τον άγιο Θεόδωρο, ενώ έχει αποδοθεί και στον Κρίσπο, γαμπρό του αυτοκράτορα Φωκά (7ος αι.). Σήμερα έχει αποδειχθεί πως ο ναός χτίστηκε το διάστημα 1077-81 από την πεθερά τού Αλεξίου Α΄ Κομνηνού Μαρία Δούκαινα, στη θέση παλαιότερων κτισμάτων που χρονολογούνται τον 6ο και 9ο αιώνα. Υπέστη σοβαρή φθορά, πιθανώς εξαιτίας σεισμού, και επισκευάστηκε το 1120 από τον Ισαάκιο Κομνηνό. Ο Θεόδωρος Μετοχίτης συνέβαλε στην ανακαίνισή της (1316-21) και ήταν υπεύθυνος για την προσθήκη του εξωνάρθηκα, του νότιου παρεκκλησίου, καθώς και για το διάκοσμο του ναού που περιλάμβανε αξιόλογα ψηφιδωτά και τοιχογραφίες. Επιπλέον, κληροδότησε στη μονή σημαντική περιουσία, χτίζοντας παράλληλα νοσοκομείο και δωρίζοντας σε αυτή την αξιόλογη συλλογή βιβλίων του, με αποτέλεσμα να προσελκύσει αργότερα σημαντικούς λογίους. Η μονή μετατράπηκε σε οθωμανικό τέμενος με εντολή του μεγάλου βεζίρη του σουλτάνου Βαγιαζήτ Β΄ (1481-1512) και έγινε γνωστό ως Καριγιέ Τζαμί. Σημαντικό μέρος της διακόσμησης του ναού καταστράφηκε. Το 1948 τέθηκε σε εφαρμογή πρόγραμμα αναστήλωσης του μνημείου και από το 1958 λειτουργεί ως μουσειακός χώρος.

 Ο μάρτυρας άγιος Ανδρόνικος από την Κιλικία της Μικράς Ασίας.