Τα πολλά φυσικά σπήλαια της κοιλάδας Καντίσα έχουν χρησιμοποιηθεί ως καταφύγια και για ταφές από την Παλαιολιθική περίοδο. Το Αάσι Χαούκα (σπήλαιο) ειδικότερα, κοντά στη Χαούκα, στο Λίβανο, απέδωσε αρχαιολογικά αντικείμενα που δείχνουν παλαιολιθικές, ρωμαϊκές και μεσαιωνικές περιόδους χρήσης.

Από τους πρώτους αιώνες του Χριστιανισμού η Ιερή Κοιλάδα έχει χρησιμεύσει ως καταφύγιο για όσους αναζητούν μοναξιά. Οι ιστορικοί πιστεύουν ότι η κοιλάδα Καντίσα έχει μοναστικές κοινότητες συνεχώς από τα πρώτα χρόνια του χριστιανισμού. Ήταν επίσης μερικές φορές προορισμός για μουσουλμάνους μυστικιστές, ή Σούφι, που τον επισκέφθηκαν επίσης για διαλογισμό και μοναξιά.

Οι πρώτες χριστιανικές κοινότητες που ξέφυγαν από τους διωγμούς βρήκαν καταφύγιο στη Καντίσα. Μεταξύ αυτών των ομάδων ήταν οι Ιακωβίτες (Συριακοί Ορθόδοξοι ), Μελχίτες (Βυζαντινοί Καθολικοί ), Νεστοριανοί, Αρμένιοι, ακόμη και Αιθίοπες. Οι Μαρωνίτες, ωστόσο, είναι η κυρίαρχη χριστιανική ομάδα στην κοιλάδα. Από τα τέλη του 7ου αιώνα, οι Μαρωνίτες κατέφυγαν στην κοιλάδα από τις αρχικές τους κατοικίες στη Λεβαντίνη. Εκείνη την εποχή, φοβόντουσαν διώξεις από τους Ιακωβίτες, οι οποίοι δεν ήταν Χαλκηδόνες, και που δίωκαν τους Χαλκηδόνες Μαρωνίτες, και από ισλαμικές επιθέσεις. Η εγκατάσταση των Μαρωνιτών εντατικοποιήθηκε τον 10ο αιώνα μετά την καταστροφή της Μονής του Αγίου Μαρώνου. Οι Μαρωνίτες μοναχοί ίδρυσαν το νέο τους κέντρο στο Κανούμπιν, στην καρδιά της Καντίσα, και μοναστήρια απλώθηκαν γρήγορα στους γύρω λόφους.[1] Ο πρώιμος Μαρωνιτικός οικισμός στην κοιλάδα συνδύαζε τόσο την κοινότητα όσο και την ερημιτική ζωή.

Οι Μαμελούκοι σουλτάνοι Μπαϊμπάρ και Καλαούν ηγήθηκαν εκστρατιών το 1268 και το 1283, αντίστοιχα, εναντίον των φρουρίων-σπηλαίων, των μοναστηριών και των γύρω χωριών. Παρά τις επιθέσεις αυτές, το μοναστήρι Ντέιρ Κανούμπιν επρόκειτο να γίνει έδρα του Μαρωνίτη Πατριάρχη τον 15ο αιώνα και να παραμείνει έτσι για 500 χρόνια. Τον 17ο αιώνα, η φήμη των Μαρωνιτών μοναχών για την ευσέβεια ήταν τέτοια που πολλοί Ευρωπαίοι ποιητές, ιστορικοί, γεωγράφοι, πολιτικοί και κληρικοί επισκέφτηκαν και ακόμη εγκαταστάθηκαν στην Κοιλάδα. Το πρώτο τυπογραφείο στη Μέση Ανατολή ιδρύθηκε το 1585 στη Μονή Κοζάγια στην κοιλάδα Καντίσα και το 1610 εκτύπωσε το πρώτο του βιβλίο, το βιβλίο των Ψαλμών στη συριακή γλώσσα. Χρησιμοποίησε συριακούς χαρακτήρες. Επίσης, αυτό το τυπογραφείο ήταν το πρώτο που εκτύπωσε στην αραβική γλώσσα

Οκτώ καλά διατηρημένες φυσικές μούμιες Μαρωνιτών χωρικών που χρονολογούνται γύρω στο 1283 μ.Χ. αποκαλύφθηκαν από τους Φατί Μπαρούντι, Πιέρ Αμπί Αούν, Πάουλ Καχαβάγια και Αντουάν Γκαούτς, μια ομάδα σπηλαιολόγων[2] από την επιστημονική οργάνωση GERSL στην κοιλάδα Καντίσα μεταξύ 1989 και 1991. Αυτά βρέθηκαν στη σπηλιά Ασί-αλ Χαντάθ μαζί με άφθονα τέχνεργα.[3]

Το 1998, η ΟΥΝΕΣΚΟ πρόσθεσε την κοιλάδα στον κατάλογο των Μνημείων Παγκόσμιας Κληρονομιάς, λόγω της σπουδαιότητάς της ως τόπου μερικών από τους πρώτους χριστιανικούς μοναστικούς οικισμούς στον κόσμο, και το συνεχιζόμενο παράδειγμα της πρώιμης χριστιανικής πίστης.[1]