Η ιστορία του Κάστρου της Πράγας ξεκινάει από τον 9ο αιώνα. Οι βασιλικές του Αγίου Γεωργίου και του Αγίου Βίτου δημιουργήθηκαν στο πρώτο μισό του 10ου αιώνα, ενώ ιδρύθηκε και το πρώτο μοναστήρι στη Βοημία. Το 12ο αιώνα κατασκευάστηκε ένα παλάτι ρωμανικού ρυθμού, ενώ το 14ο αιώνα, κατά τη βασιλεία του Καρόλου Δ', το βασιλικό παλάτι ξαναχτίστηκε σε γοτθικό ρυθμό κι ενισχύθηκαν οι οχυρώσεις.

Κατά τη διάρκεια των Πολέμων των Χουσιτών, το Κάστρο παρέμενε ακατοίκητο. Το 1485, ο Λαδίσλαος Β' της Βοημίας και Ουγγαρίας ξεκινάει την ανοικοδόμηση του κάστρου, ενώ αργότερα προστέθηκαν στη βόρεια πλευρά αμυντικά τείχη. Μια πυρκαγιά το 1541 καταστρέφει μεγάλα τμήματα του κάστρου, ενώ αργότερα εμφανίζονται κάποια νέα κτίρια αναγεννησιακής αρχιτεκτονικής κατά τη βασιλεία των Αψβούργων. Η τελευταία μεγάλη ανοικοδόμηση του κάστρου πραγματοποιήθηκε υπό την Αυτοκράτειρα Μαρία Θηρεσία της Αυστρίας κατά το δεύτερο μισό του 18ου αιώνα.

Το 1918, το κάστρο έγινε έδρα του Προέδρου της Δημοκρατίας της Τσεχοσλοβακίας. Κατά το Β' Παγκόσμιο Πόλεμο και τη γερμανική κατοχή στην Τσεχοσλοβακία, το Κάστρο της Πράγας έγινε το επιτελείο του Ράινχαρντ Χάιντριχ. Λέγεται ότι τοποθέτησε στο κεφάλι του το Στέμμα της Βοημίας, πιστεύοντας ότι ήταν μεγάλος βασιλιάς και, σύμφωνα με παλιούς θρύλους, όποιος σφετεριστής φορέσει το στέμμα στο κεφάλι του, είναι καταδικασμένος να πεθάνει μέσα σε ένα χρόνο. Σε λιγότερο από χρόνο μετά την ανάληψη εξουσίας, ο Ράινχαρντ Χάιντριχ δολοφονήθηκε.

Με την απελευθέρωση της Τσεχοσλοβακίας, το Κάστρο στέγασε τα γραφεία της κομμουνιστικής κυβέρνησης, ενώ με τη διάλυσή της έγινε η έδρα των Προέδρων της Δημοκρατίας της Τσεχίας.