Τα Χανιά είναι η τοποθεσία σύμφωνα με την οποία οι Μινωίτες έκτισαν την "Κυδωνία". Από ανασκαφές που έγιναν σε διάφορες συνοικίες, όπως αυτή στο Καστέλι, έγινε γνωστό πως η περιοχή ήταν κατοικημένη από τη Νεολιθική εποχή. Η πόλη αποτέλεσε μετά τη Μινωική εποχή μια σημαντική πόλη-κράτος με όρια από τη θάλασσα μέχρι τους πρόποδες των Λευκών Ορέων. Οι πρώτοι αποικιστές από την ηπειρωτική Ελλάδα ήταν οι Δωριείς γύρω στο 1100 π.Χ. Η Κυδωνία βρισκόταν σε συνεχείς διενέξεις με τις άλλες πόλεις κράτη της περιοχής, όπως η Απτέρα, η Φαλάσαρνα και η Πολυρρήνεια. Επίσης, ο Όμηρος την ανέφερε στην Οδύσσεια (iii.330).[1] Το 69 π.Χ. ο Ρωμαίος πρόξενος Καικίλιος Μέτελλος (Caecilius Metellus) κατέλαβε την Κυδωνία, η οποία έλαβε προνόμια ανεξάρτητης πόλης-κράτους από τους Ρωμαίους, όπου και διατήρησε το δικαίωμα να έχει δικό της νόμισμα μέχρι τον 3ο αιώνα μ.Χ.

Η πρώτη βυζαντινή περίοδος διήρκεσε από το 395 μ.Χ. ως το 824 μ.Χ. Γι' αυτήν δεν υπάρχουν αρκετές καταγραφές. Κατά την Αραβοκρατία (827 - 961 μ.Χ.) που ακολούθησε η μικρή πόλη πιθανά ονομαζόταν Rabdh el Djobh (Τυρούπολη, πόλη του τυριού) ή Al Hanim. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου οι Χριστιανικοί πληθυσμοί μετακινήθηκαν προς τα ορεινά του νομού λόγω των διωγμών. Ο Βυζαντινός στρατηγός Νικηφόρος Φωκάς επανάκτησε την Κρήτη το 961 μ.Χ.[2] Η δεύτερη βυζαντινή περίοδος διήρκεσε μέχρι το 1204 μ.Χ. και το όνομά της άλλαξε σε Χανιά. Οι Βυζαντινοί άρχισαν να ενισχύουν με οχυρωματικά έργα την πόλη, χρησιμοποιώντας αρχαία οικοδομικά υλικά, με σκοπό να αποτρέψουν και άλλη αραβική επιδρομή. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου τα Χανιά αποτελούν επίσης έδρα επισκόπου.

Η Βενετία έχει μια μακρά παράδοση εμπορικών σχέσεων με την Κρήτη, ήταν ένα από τα αμέτρητα νησιά και πόλεις στα οποία η Βυζαντινή αυλή έδωσε απαλλαγή με αυτοκρατορικά Χρυσόβουλα, ξεκίνησε (1147) και τα επιβεβαίωσε με Συνθήκη ο Αλέξιος Γ΄ Άγγελος (1198).[3][4] Η Κωνσταντινούπολη καταλήφθηκε από τους Λατίνους στην Δ΄ Σταυροφορία τον Απρίλιο του 1204. Η Δημοκρατία της Βενετίας είχε μεγάλο μερίδιο στη διανομή, πήρε τις Κυκλάδες, τα Επτάνησα, τα νησιά του Σαρωνικού κόλπου και πολλές πόλεις στην ηπειρωτική Ελλάδα που ήθελε να τις χρησιμοποιήσει σαν ναυτικές βάσεις. Ο Βονιφάτιος ο Μομφερρατικός είχε παραλάβει την Κρήτη, η Βενετία προσέγγισε τη μεγάλη αντίπαλο της Δημοκρατία της Γένοβας με στόχο να του την αποσπάσουν. Ο Αλέξιος Δ΄ Άγγελος είχε υποσχεθεί την Κρήτη σαν δώρο στον Βονιφάτιο αλλά τη χρησιμοποιούσε ο ίδιος ελάχιστα και αποφάσισε να την πουλήσει στους Βενετούς. Τα ανταλλάγματα ήταν 1.000 ασημένια μάρκα, μια ετήσια προσφορά από τα έσοδα που έφτανε τα 10.000 Υπέρπυρα και στρατιωτική βοήθεια των Βενετών για να καταλάβει το Βασίλειο της Θεσσαλονίκης. Τα κέρδη της Βενετίας επικυρώθηκαν μερικές βδομάδες αργότερα με Ρωμαϊκό διάταγμα.[5][6][7] Οι Βενετοί αποβιβάστηκαν στο νησάκι Σπιναλόγκα αλλά οι Γενοβέζοι που κατέχαν ήδη την Κρήτη κινήθηκαν πιο γρήγορα υπό την ηγεσία του Ερρίκο Πεσκατόρε κόμη της Μάλτας, με την υποστήριξη του τοπικού πληθυσμού κατέλαβαν τα κεντρικά και ανατολικά τμήματα του νησιού. Το καλοκαίρι του 1207 αποκρούστηκε μια πρώτη Βενετική επίθεση του Ρανιέρο Ντάντολο, τα επόμενα δύο χρόνια ο Πεσκατόρε κυβερνούσε το σύνολο του νησιού με εξαίρεση κάποιες απομονωμένες Βενετικές φρουρές. Ο Πεσκατόρε κατέφυγε στον πάπα και ζήτησε να τον αναγνωρίσει βασιλιά της Κρήτης, η Βενετία ωστόσο ανέκαμψε γρήγορα και ο Πεσκατόρε έχασε την υποστήριξη της Γένοβας. Οι Βενετοί ξεκίνησαν να πολιορκούν το Παλαιόκαστρο ένα κάστρο κοντά στον Χάνδακα (σημερινό Ηράκλειο) (1209) αλλά το κατέλαβαν 3 χρόνια αργότερα (1212). Ο Πεσκατόρε αναγκάστηκε να εγκαταλείψει το νησί, αντιστάθηκε για λίγο καιρό ακόμα μόνο ο υπαρχηγός του Αλαμάννο ντα Κόστα. Με την τελική Συνθήκη ανάμεσα στη Δημοκρατία της Βενετίας και τη Δημοκρατία της Γένοβας (11 Μαίου 1217) η Κρήτη πέρασε οριστικά στους Βενετούς.[8][9][10]

Ο μετέπειτα δόγης Γιάκοπο Τιέπολο έγινε ο πρώτος κυβερνήτης της νέας επαρχίας με τον τίτλο του "δούκα της Κρήτης" ή "δούκα της Κανδίας", έδρα του ήταν ο Χάνδακας.[11][12] Για να μπορέσει να αποκτήσει τον έλεγχο σε ολόκληρο το νησί ο Τιέπολο ζήτησε τη μεταφορά εποίκων από τη μητρόπολη Βενετία, ήθελε να τους δώσει γη με αντάλλαγμα στρατιωτική υπηρεσία. Η Δημοκρατία της Βενετίας ενέκρινε θετικά την αίτηση του με διάταγμα (10 Σεπτεμβρίου 2011). Οι πρώτοι Βενετοί που εγκατέλειψαν τη Βενετία και εγκαταστάθηκαν στην Κρήτη (20 Μαρτίου 1212) ήταν 132 ευγενείς και 45 αστοί.[13] Ακολούθησαν άλλα τρία κύματα μεταναστών (1222, 1233, 1252), συνολικά 10.000 Βενετοί εγκαταστάθηκαν στην Κρήτη τον πρώτο αιώνα της Βενετοκρατίας, η ίδια η Βενετία είχε τότε πληθυσμό 60.000 κατοίκους.[14] Οι άποικοι του 1252 ίδρυσαν νέα πόλη την "Κανέα" που εξελίχτηκε στα σημερινά Χανιά στη θέση που ήταν τα ερείπια της αρχαίας πόλης Κυδωνία.[15] Το 1252 οι Ενετοί κατάφεραν να υποτάξουν τους Κρήτες επαναστάτες και η Βενετική Σύγκλητος με το διάταγμα της 29 Απριλίου 1252 (Γρηγοριανό ημερολόγιο) διατάσσουν τον Στρατιωτικό Διοικητή να καταλάβουν τη Δυτική Κρήτη και να ιδρύσουν νέα πόλη ή να ανοικοδομήσουν κάποια παλαιά. Τα Χανιά κατόπιν, όπως και όλη η Κρήτη άνθησαν ως εμπορικό κέντρο και ως αγροτική περιοχή. Στην αρχή οι Ενετοί ήταν σκληροί και καταπιεστικοί, αλλά σιγά σιγά οι σχέσεις τους με τους ντόπιους θερμάνθηκαν. Η επαφή τους με τη Βενετία βοήθησε στο να αναμειχθούν οι δύο κουλτούρες, χωρίς όμως οι ντόπιοι να χάσουν τις ελληνοχριστιανικές τους παραδόσεις. Το όνομα της πόλης άλλαξε σε La Canea και οι βυζαντινές οχυρώσεις ενισχύθηκαν δίνοντας στα Χανιά τη σημερινή τους μορφή. Επίσης, μετά από την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Οθωμανούς το 1453, αρκετοί ιερείς, μοναχοί, καλλιτέχνες και άνθρωποι των γραμμάτων βρήκαν καταφύγιο στην Κρήτη βοηθώντας στην πολιτιστική ενίσχυση του νησιού. Τα Χανιά, κατά την περίοδο αυτή, περιέχουν μείγμα βυζαντινού, ενετικού και κλασικού ελληνικού πολιτισμού.

Παρόλα αυτά τα τείχη της δεν κατάφεραν να αποτρέψουν τους Οθωμανούς από το να καταλάβουν την πόλη το 1645 ύστερα από δίμηνη πολιορκία. Οι Οθωμανοί αποφάσισαν να προσεγγίσουν τη πόλη από τα δυτικά και αποβιβάστηκαν κοντά στο μοναστήρι της Γωνιάς στην Κίσσαμο, το οποίο και λεηλάτησαν και έκαψαν. Πολιόρκησαν τα Χανιά στις 2 Αυγούστου 1645.[2] Οι απώλειες και από τις δυο πλευρές ήταν τεράστιες (ειδικά των Οθωμανών). Ο Οθωμανός διοικητής εκτελέστηκε στην επιστροφή του έχοντας χάσει περισσότερους από 40.000 άντρες. Από την εκστρατεία αυτή η οποία για τους Τούρκους παραταύτα θεωρήθηκε ως μεγάλο κατόρθωμα έμεινε μέχρι και σήμερα η φράση Να δείς τα Χανιά και τη Γωνιά ("Hanya’yı Konya’yı görmek") που σημαίνει να καταλάβεις σε βάθος μια δουλειά και να είσαι εύστροφος.

Αργότερα οι περισσότερες εκκλησίες μετατράπηκαν σε τζαμιά και τα πλούτη της πόλης μεταφέρθηκαν στην έδρα της Οθωμανικής αυτοκρατορίας, την Κωνσταντινούπολη. Οι Τούρκοι εποίκησαν τις ανατολικές συνοικίες της πόλης (Καστέλι και Σπλάτζια), όπου και μετέτρεψαν τον Άγιο Νικόλαο των Δομινικανών μοναχών στο Κεντρικό τους τζαμί ("Houghiar Tzamissi" Turkish: Hünkar Camisi). Έκτισαν επίσης και νέα τζαμιά, όπως αυτό του Kioutsouk Hassan στο παλιό λιμάνι. Τα δημόσια λουτρά (hamam) χτίστηκαν από τους Τούρκους λίγο πιο πάνω, στη σημερινή οδό Χάληδων. Το 1821, με την έναρξη της ελληνικής επανάστασης, υπήρξαν διαμάχες μεταξύ των Χριστιανών και Μουσουλμάνων στα Χανιά, που οδήγησαν σε σφαγή του χριστιανικού πληθυσμού στην πόλη των Χανίων. Ο επίσκοπος Κισσάμου, Μελχισεδέκ Δεσποτάκης, κρεμάστηκε από τους Τούρκους σε έναν πλάτανο στην πλατεία της Σπλάντζιας, ο οποίος υπάρχει και σήμερα.

Η Κρήτη μετά την Επανάσταση του 1821 αποδόθηκε από τους Οθωμανούς στους Αιγύπτιους του Μοχάμαντ Άλυ, οι οποίοι τη διατήρησαν έως το 1840. Στην εποχή της Αιγυπτιοκρατίας ανάγεται ο φάρος στο ενετικό λιμάνι των Χανίων[16]. Επί αιγυπτιοκρατίας εκδόθηκε η πρώτη εφημερίδα στην Κρήτη, στα Χανιά, η << Κρητική Φωνή >>, η οποία ήταν δίγλωσση[17]. Επί αιγυπτιακής κατοχής υπήρχαν δύο διοικήσεις στην Κρήτη, η μία στα Χανιά και η άλλη στον Χάνδακα[18], ωστόσο η επίσημη εφημερίδα της αιγυπτιακής διοίκησης της Κρήτης ήταν στα Χανιά.

Το 1841 το νησί επανήλθε σε οθωμανική κατοχή. Από το 1850 κι έπειτα ο Πασάς της Κρήτης διέμενε στα Χανιά, όταν οι Οθωμανοί μετέφεραν για αμυντικούς λόγους (ύπαρξη του ασφαλούς για τον Οθωμανικό στόλο λιμανιού της Σούδας) την πρωτεύουσα της Κρήτης από το Ηράκλειο. Το 1878, υπογράφηκε η συνθήκη της Χαλέπας, η οποία παραχωρούσε κάποια σημαντικά δικαιώματα στο χριστιανικό πληθυσμό του νησιού.

Το 1898, κατά τη διάρκεια των τελευταίων κινημάτων για ανεξαρτησία και ένωση με την Ελλάδα και ειδικά των αναταραχών στο Ηράκλειο την 25 Αυγούστου 1898 [19], οι Μεγάλες Δυνάμεις δημιούργησαν την ημιαυτόνομη Κρητική Πολιτεία με πρωτεύουσα τα Χανιά, με ύπατο αρμοστή της τον πρίγκιπα Γεώργιο. Το παλάτι βρίσκεται στη συνοικία Χαλέπα, στα ανατολικά της παλιάς πόλης, δίπλα στην οικία του Ελευθερίου Βενιζέλου[20], η οποία είναι ανοιχτή στο κοινό και χρησιμοποιείται ως μουσειακός χώρος. Κατά τη διάρκεια της χρονιάς, τρέχουν διάφορα προγράμματα εντός του μουσείου δίνοντας την ευκαιρία σε μαθητές όλων των βαθμίδων να τα παρακολουθήσουν και να συμμετέχουν σε αυτά.

Συνεχίζοντας ιστορικά, πρέπει να αναφέρουμε ότι κατά τη διάρκεια αυτών των χρόνων η Κρήτη τύπωσε δικό της νόμισμα και γραμματόσημα. Η πόλη έπαψε να αποτελεί απομακρυσμένο βιλαέτι της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και έγινε κοσμοπολίτικη, ξανακερδίζοντας τον ρόλο της ως σταυροδρόμι των πολιτισμών της Ευρώπης και της Ανατολής. Πολλά σημαντικά κτήρια χτίστηκαν κατά την περίοδο αυτή, κυρίως στην οδό Νεάρχου, καθώς και στο προάστιο της Χαλέπας, όπου βρίσκονταν τα προξενεία των προστάτιδων δυνάμεων.

Παρόλα αυτά ο κύριος στόχος ήταν η ένωση με την Ελλάδα, ο οποίος πραγματοποιήθηκε έπειτα από τη στάση του Ελευθέριου Βενιζέλου προς τον πρίγκιπα Γεώργιο. Ύστερα από αρκετές διαμάχες, η επανάσταση του Θερίσου στις 10 Μαρτίου 1905, κατάφερε να διώξει το Γεώργιο και να φέρει στην Κρήτη τον Αλέξανδρο Ζαΐμη. Τελικά, το 1908, ο Βενιζέλος κατάφερε να εδραιώσει μια επαναστατική κυβέρνηση, η οποία αναγνωρίστηκε από τις Μεγάλες Δυνάμεις. Η μετέπειτα εκλογή του ως πρωθυπουργού της Ελλάδας το 1910 επέφερε ριζική αλλαγή στην ελληνική εξωτερική πολιτική. Η κυβέρνηση του Βενιζέλου ήρθε σε συνεννόηση με αλλά βαλκανικά κράτη, με αποτέλεσμα τη δημιουργία του Βαλκανικού Συνασπισμού, μίας συμμαχίας με σκοπό την εκδίωξη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας από τη Βαλκανική χερσόνησο. Η νικηφόρα έκβαση των Βαλκανικών Πολέμων για την Ελλάδα είχε ως αποτέλεσμα την Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα την 1η Δεκεμβρίου 1913. Η Ελληνική σημαία υψώθηκε στο φρούριο του Φιρκά στο παλιό λιμάνι με την παρουσία του Βενιζέλου και του βασιλιά της Ελλάδας Κωνσταντίνου. Ο Βενιζέλος, ο οποίος κατάγεται από τις Μουρνιές Χανίων, υπήρξε αρχηγός της Κρητικής επανάστασης του 1896-97 εναντίον της Οθωμανικής αυτοκρατορίας και πρωθυπουργός της Ελλάδας (1910-1915, 1915, 1917-1920, 1924, 1928-1932, 1932 και 1933). Απεβίωσε στις 18 Μαρτίου 1936 και ο τάφος του βρίσκεται στον Προφήτη Ηλία πάνω από τα Χανιά.

Κομβικό ιστορικό γεγονός αποτελεί η άφιξη και η εγκατάσταση Ελλήνων Μικρασιατών προσφύγων στα Χανιά, μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή του 1922 και την ανταλλαγή πληθυσμών. Ως εκ τούτου εμπλουτίστηκε ο τοπικός πληθυσμός και ο πολιτισμός της πόλης. Σημειώνεται μάλιστα ότι η συμβίωση και η αλληλεπίδραση μεταξύ γηγενών και προσφύγων ήταν ειρηνικότερη και πιο ομαλή σε σχέση με άλλες περιοχές της Ελλάδας.[21]

Μια άλλη σημαντική στιγμή στην ιστορία των Χανίων είναι η εισβολή και κατοχή από τις δυνάμεις του Άξονα κατά τη διάρκεια του Β΄ παγκοσμίου πολέμου. Με τη μεταφορά της Ελληνικής κυβέρνησης στα Χανιά μετά την κατάληψη της ηπειρωτικής Ελλάδας η πόλη γίνεται η de facto πρωτεύουσα της χώρας[22](ως πρωτεύουσα ορίζεται η έδρα της κυβέρνησης). Στη συνέχεια όμως έπειτα από έναν ανηλεή βομβαρδισμό της πόλης από τη γερμανική αεροπορία τον Μάιο του 1941, οι Γερμανοί αλεξιπτωτιστές εισέβαλαν στην πόλη από τα δυτικά (από τις περιοχές του Γαλατά και του Μάλεμε) και απωθήθηκαν από τους Βρετανούς στον λόφο της Δεξαμενής στα νότια της πόλης. Ο βασιλιάς Γεώργιος διέμενε σε μια βίλα στα Περιβόλια, κοντά στα Χανιά, στην προσπάθειά του να ξεφύγει από τους Γερμανούς στην Αίγυπτο. Η εβραϊκή κοινότητα των Χανίων υπέστη σημαντικές απώλειες κατά τη διάρκεια της Κατοχής. Οι περισσότεροι από αυτούς, όπως και αντιστασιακοί, μεταφέρθηκαν από τους Γερμανούς σε στρατόπεδα συγκέντρωσης στην κεντρική Ευρώπη. Το 1944, μια Βρετανική τορπίλη βύθισε το πλοίο "Τάναϊς", το οποίο μετέφερε το μεγαλύτερο μέρος της εβραϊκής κοινότητας Χανίων. Τα Χανιά ήταν η τελευταία ευρωπαϊκή πόλη, που απελευθερώθηκε από τους Γερμανούς το Μάιο του 1945, με τους Γερμανούς να εκτελούν ντόπιους μέχρι την τελευταία στιγμή.

Τη δεκαετία του ΄70 η Κρήτη μετατράπηκε σε μείζονα τουριστικό προορισμό για τον διεθνή και εγχώριο τουρισμό, πράγμα το οποίο συνέβαλε στην άνθηση της οικονομίας και της πολιτιστικής ανάπτυξης της πόλης. Τα Χανιά, έπαψαν να είναι πρωτεύουσα της Κρήτης το 1971, όταν η πρωτεύουσα της Κρήτης μεταφέρθηκε στο Ηράκλειο.