Το 704, μια εκκλησία αφιερωμένη στην Παναγία χτίζεται σε έναν παλιό χώρο τέλεσης κέλτικων δοξασιών. Τον 13ο αιώνα περικυκλώνεται από μια πρώτη οχύρωση. Το 1482, το φρούριο επενδύεται με ένα δεύτερο αμυντικό τείχος και την πύλη του Σέρενμπεργκ.

Από το 1253 ως το 1719, το φρούριο του Μαρίενμπεργκ αποτέλεσε την κατοικία των πριγκήπων-επισκόπων του Βύρτσμπουργκ.

Στην διάρκεια της Εξέγερσης των Χωρικών, το κάστρο πολιορκείται από στρατιά 15.000 χωρικών που δεν κατορθώνουν να το καταλάβουν λόγω των αμυντικών τειχών και της απότομης πλαγιάς πάνω στην οποία είναι χτισμένο. Ο αρχηγός τους, Φλόριαν Γκάιερ πήγε στο Ρότενμπουργκ ομπ ντερ Τάουμπερ να βρει κανόνια για να προκαλέσει ρήγμα στο τείχος. Με το τέλος της σύγκρουσης, περισσότεροι από 8.000 χωρικοί σκοτώθηκαν ή τυφλώθηκαν υπό τις διαταγές του επισκόπου. Οι Ναζί ανέδειξαν τον ρόλο του Φλόριαν Γκάιερ 410 χρόνια αργότερα. Εκτιμούσαν το γεγονός πως ένας απλός άνθρωπος θυσιάστηκε για το ιδανικό του και πολέμησε ενάντια στην καθολική εκκλησία.

Από το 1573, μετατρέπεται σε κάστρο αναγεννησιακού ρυθμού. Στη διάρκεια του Τριανταετούς Πολέμου, το 1631, οι Σουηδοί καταλαμβάνουν το φρούριο που ξαναχτίζεται σε μπαρόκ ρυθμό, με τους πρώτους κήπους σε μορφή εξώστη να κάνουν την εμφάνισή τους.

Υπό τον πρίγκηπα-επίσκοπο Ιωάννη-Φίλιππου του Σένμπορν (1642-1673), χτίζονται άλλα κτίσματα και οχυρά.

Το φρούριο κατελήφθη αρκετές φορές στη συνέχεια, στη διάρκεια των Ναπολεόντειων Πολέμων και από τον πρωσικό στρατό το 1866.

Φιλοξενεί σήμερα διάφορα μουσεία της πόλης του Βύρτσμπουργκ.