Leider wurden die ersten wissenschaftlichen Ausgrabungen von D.B. Spooner im Auftrag des Archaeological Survey of India und von H. Hargreaves zu Beginn des letzten Jahrhunderts nicht miteinander verglichen und koordiniert, um so wichtige Erkenntnisse über die Entstehungsgeschichte zu gewinnen. Dennoch kann man davon ausgehen, dass das Kloster im ersten Jahrhundert v. Chr. gegründet wurde. Zur Zeit Kanischkas erlebte es seine größte Blüte. In dieser Zeit entstand der "Hof der vielen Stupas, während der Hauptstupa und der große Hof aus dem dritten und vierten nachchristlichen Jahrhundert stammen. Die spätesten Gebäude datieren in das 6. und 7. nachchristliche Jahrhundert. Wie die anderen buddhistischen Klöster genoss auch Takht-i-Bahi den mäzenatischen Schutz der Kuschana-Herrscher. Ihren Bau und oft auch ihren Unterhalt finanzierten wohlhabende Kaufleute.

In der Nähe war eine Ansiedlung des parthischen Königs Gondophares, dessen Name in einer im Kloster gefundenen Inschrift genannt wird. Auch der Apostel Thomas soll auf seinem Weg nach Indien hier vorbeigekommen sein.