Errichtet wurde die Stabkirche wahrscheinlich im frühen 13. Jahrhundert in der Art der dreischiffigen Säulenstabkirchen. Sie diente zwischen ihrer Erbauung und ihrem Abbruch als Gemeindekirche für einige Höfe mit jeweils ca. 15–30 Bewohnern (freie Bauernfamilien und Gesinde) im Fortundalen. Diese Zahl schwankte, hauptsächlich bedingt durch regelmäßige Epidemien, die Norwegen über einen Zeitraum von 200 Jahren etwa alle zehn Jahre in größerem oder kleinerem Ausmaß heimsuchten. Die erste dieser Epidemien, die Pest von 1349/50, raffte etwa die Hälfte der norwegischen Bevölkerung dahin und verwaiste ganze Landstriche. Zwischen 1349 und 1562 ist keine Bevölkerung in der Umgebung nachzuweisen und es wird davon ausgegangen, dass die Kirche über einen Zeitraum von ca. 150 Jahren in Vergessenheit geriet. Nach der Neubesiedelung des Tals muss sie bis ca. 1650 weitgehend unberührt gestanden haben. Seit der Einführung der Reformation in Norwegen im Jahr 1536 war die Kirche offiziell evangelisch-lutherisch. Zwischen 1650 und 1700 wurden dann weitreichende Veränderungen vorgenommen, so wurde z. B. ein Turm hinzugefügt, ein Himmel (zur Verbesserung der internen Temperaturverhältnisse im Winter) versperrte den Blick auf die Dachkonstruktion, und auch der Chor wurde komplett erneuert. Um 1700 wurde das Kirchenschiff von innen bemalt.

Die Giebel waren mit Drachenköpfen geschmückt und das Dach war mit dreifach gebranntem Kiefernharz geteert, um den Witterungseinflüssen besser standzuhalten. Die Kirche umgab ein Laubengang, ein halb offener Umgang, der Schutz vor Wind und Wetter bot und schon früher als allgemeiner Treffpunkt fungierte.

Ein Gesetz von 1851, das besagte, dass jede Kirche mindestens 30 Prozent der Gemeinde beherbergen können musste, bedeutete das Aus für die meisten der bis dahin erhaltenen Stabkirchen in Norwegen. Im Jahre 1879 sollte die Kirche zugunsten eines Neubaus abgerissen werden und, wie damals wegen der allgemein herrschenden Armut üblich, als Brennholz verkauft werden. Der Bergener Konsul Fredrik Georg Gade kaufte daraufhin das Gebäude, ließ es zerlegen und errichtete es 1883 auf seinem Grundstück in Fantoft, im Süden der Stadt, neu. Dabei wurde auch versucht, die Kirche in ihren mittelalterlichen Zustand zurückzuversetzen. Da das Schiff weitestgehend erhalten war und archäologische Untersuchungen weiteren Aufschluss auf die ursprüngliche Konstruktion zuließen, konnte das Projekt in kurzer Zeit mit sehr großem handwerklichen Sachverstand realisiert werden. Als Vorlagen für nicht überlieferte Details (Laubengang, Dachreiter, Apsis und äußere Dekorationen) dienten hierbei andere, artverwandte Stabkirchen derselben Region.

Fortan wurde die Kirche nicht mehr Fortun-, sondern Fantoft-Stabkirche genannt.

Die Kirche brannte am 6. Juni 1992 nach einem Brandanschlag komplett nieder. Nur verkohltes Gebälk und eine verbrannte Eingangstür zeugten von der ehemaligen Kirche. Varg Vikernes, Gründer des Black-Metal-Projektes Burzum, druckte eine Photographie der Überreste auf das Cover der 1993 veröffentlichten Burzum-EP Aske (norwegisch für ‚Asche‘), den ersten 1000 Exemplaren lag außerdem ein Feuerzeug mit dem gleichen Aufdruck bei.[1] Trotz angeblich recht eindeutiger Indizien konnte Vikernes nicht verurteilt werden. Die zuständigen Schöffen votierten für nicht schuldig. Die Berufsrichter, für die die Schuldfrage hinreichend geklärt war, hielten diese Entscheidung für einen Fehler, insistierten jedoch nicht darauf, den Prozess neu aufrollen zu lassen, zumal Vikernes wegen anderer Brandanschläge und des Mordes an Øystein „Euronymous“ Aarseth ohnehin zu 21 Jahren Haft verurteilt worden war. Vikernes erklärte im Dokumentarfilm Until the Light Takes Us, die Kirche sei niedergebrannt worden, da sie auf „heidnischem Grund“ errichtet worden sei.[2]

Im Jahr 1993 wurde der Wiederaufbau anhand alter Zeichnungen, Baupläne von der Rekonstruktion sowie Fotografien begonnen. 1997 konnte der Bau zur Besichtigung wieder freigegeben werden. Die Stabkirche ist heute als nahezu exakte Kopie der Kirche im Zustand von 1883 bis 1992 zu sehen. Beim Wiederaufbau wurde weitgehend auf authentische Techniken und Werkzeuge zurückgegriffen. Die Materialien sind identisch, so wurde z. B. das Bauholz dem gleichen norwegischen Urwald entnommen wie das Original und auch das Taufbecken aus Speckstein entstammt demselben Steinbruch wie das Original. Auch Bienenwachs (unter anderem zur Versiegelung der Masten) und die ausschließliche Verwendung von Holznägeln tragen zur Authentizität des Neubaus bei. Einziges Teil der alten Innenausstattung ist das metallene Altarkreuz, welches nach dem Brand in der Asche aufgefunden wurde.