Die im Jahre 1020 erstmals erwähnte Burg gehörte zur Grafschaft Besalú, dann zur Grafschaft Barcelona, also zum späteren Königreich Aragon. Eine Familie 'Cucugnan' wird gegen Ende des 12. Jahrhunderts als Besitzer der Burg genannt; diese sympathisierte mit den religiösen Vorstellungen der Katharer oder Albigenser, wie sie im Süden Frankreichs genannt wurden.

Während des Albigenserkreuzzugs (1209–1229) fanden viele Katharer Zuflucht in der abgelegenen und nahezu uneinnehmbaren Festung. Unter ihnen war auch der Bischof der Grafschaft Razès, Benoît de Termes, welcher 1233 oder 1241 in der Festung starb. Im Jahr 1239 wurde sie dann von dem Herrscher Aragoniens an den französischen König Ludwig IX. verkauft. Doch im Jahre 1242 wurde der Katalane Xacbert de Barbaira, eine herausragende Gestalt des südfranzösischen Widerstandes, Befehlshaber von Quéribus; er konnte die Burg zwar noch bis 1255 halten, musste sie dann aber nach längerer Belagerung durch seinen ehemaligen Freund und Kampfgefährten Olivier de Termes endgültig an den französischen König abtreten. Damit hatte Quéribus aber elf Jahre länger standgehalten als die Burg Montségur. Als neuer Befehlshaber wurde der Seneschall von Carcassonne eingesetzt.

Die Burg Quéribus wird mit dem Vertrag von Corbeil 1258 Teil des Königreich Frankreichs unter Ludwig IX., dem Heiligen und rückt in die sichtbare Nähe der Grenze Frankreichs zu Aragon. Die Festung wird gemeinsam mit den Burgen Aguilar, Peyrepertuse, Puilaurens und Termes eine der sogenannten Fünf Söhne von Carcassonne; in dieser Zeit wurden Teile der Burg umgebaut und dem technischen Fortschritt (Kanonen) sowie dem Zeitgeschmack angepasst. Ihre strategische Bedeutung verlor die Festung mit dem Pyrenäenvertrag des Jahres 1659; gleichwohl verblieb auch in der darauffolgenden Zeit noch eine kleine Garnison in der Burg.