Die Geschichte von Nikkō beginnt bereits 766 mit der Errichtung des Rinnō-ji-Tempels. In der Edo-Zeit wurden der Nikkō Tōshō-gū (das Tokugawa-Mausoleum) und die Nikkō-Landstraße (Nikkō Kaidō) in die Hauptstadt Edo eröffnet, Nikkō stand unter direkter Kontrolle des Shōgunats und zog viele Besucher an. Auch in der Moderne bleiben Touristen aus der Hauptstadtregion wichtig für die Stadt (siehe #Sehenswürdigkeiten). 1890 erhielt Nikkō durch die private Nippon Tetsudō einen ersten Eisenbahnanschluss, die später Nikkō-Linie getaufte Strecke verband Nikkō mit Tochigis Hauptstadt Utsunomiya. 1929 kam die Tōbu-Nikkō-Linie dazu, die auf direkterem Weg in die Stadt Miyashiro in Saitama führt und an die Tōbu-Hauptlinie (Isesaki-Linie bzw. neuerdings Tobu Skytree Line) nach Tokio anschließt.

 Die Flagge der alten Stadt Nikkō 1893–2006

Nach der Meiji-Restauration entstand als Nachfolger der Shōgunatsverwaltung von Nikkō 1869 die Präfektur Nikkō (日光県), die 1871 zu Tochigi kam. Ab 1878, als die Kreise reaktiviert und neu geordnet wurden, gehörte Nikkō zum „Kreis Ober-Tsuga“ (Kami-Tsuga-gun) von Tochigi, der aus der Teilung des antiken Kreises Tsuga von Shimotsuke hervorging. Bei der Einführung der heutigen Gemeindeformen 1889 entstand aus dem vormodernen Nikkō und umliegenden Dörfern die [kreisangehörige] Stadt Nikkō (日光町). Daraus wurde unter Zusammenschluss mit dem Dorf Okorogawa am 1. Februar 1954 die [kreisfreie] Stadt Nikkō (日光市). Am 20. März 2006 fusionierte die alte Stadt Nikkō mit der Stadt Imaichi und den kreisangehörigen Gemeinden Ashio, Fujiwara und Kuriyama – technisch entstand dabei eine neue Stadt Nikkō.[1]

↑ Nikkō-shi: Zeittafeln zur Geschichte der fünf Vorgängergemeinden, Zeittafel zur Geschichte der alten Nikkō-shi, Zeittafel zur Geschichte der alten Imaichi-shi (japanisch)