M’banza Kongo war die Hauptstadt des Kongoreiches und ein wichtiges politisches und religiöses Zentrum. Das Königreich Kongo wurde laut traditionellen Berichten um 1390 von Lukeni lua Nimi gegründet und erstreckte sich über Teile des heutigen Angola, der Demokratischen Republik Kongo und Gabuns. Es war ein wichtiger Akteur im transatlantischen Sklavenhandel und hatte auch enge Beziehungen zu europäischen Mächten wie Portugal.[1]

Im Jahr 1489 traf die erste portugiesische Gesandtschaft in der Stadt ein, was den Beginn der Beziehungen zwischen dem Königreich Kongo und Portugal markierte. Die ersten Steinstrukturen wurden unter König Afonso I. (1456–1543) mit Hilfe von portugiesischen Architekten und Steinmetzen erbaut. Paläste, Kirchen und aristokratische Häuser entstanden in dieser Zeit. Seit 1570 trug die Stadt den portugiesischen Ortsnamen „São Salvador do Congo“ oder (meistens) einfach São Salvador.

Nach der Schlacht von Ambuila im Jahr 1665 und der daraus resultierenden Zerschlagung des Kongoreiches durch Portugal sowie den darauffolgenden Bürgerkriegen wurde M’banza Kongo 1678 aufgegeben, 1705 aber von der christlichen Prophetin Kimpa Vita und ihren Anhängern erneut besiedelt.

Ende des 19. Jahrhunderts wurde die halbverfallene Stadt nach westlichem Vorbild wieder aufgebaut. In dieser Zeit entstanden unter anderem eine neue Kathedrale und ein zweiter Königspalast.[2]

Nach der Unabhängigkeit Angolas von Portugal 1975 wurde die Stadt wieder in M’banza Kongo umbenannt.[3]