Manly erhielt seinen Namen am 21. Januar 1788 durch den Befehlshaber der First Fleet, Captain Arthur Phillip, auf einer dreitägigen Erkundungstour durch den Port Jackson. Die Einfahrt zum Port Jackson hatte Captain James Cook bereits 1770 auf seinen Karten verzeichnet, ihn aber nie erkundet. Captain Arthur Phillip war so beeindruckt vom Auftreten („manly behaviour“) der Tharawal, einem Stamm der Aborigines, die seinen drei Booten beim ersten Treffen entgegen wateten, dass er die Stelle Manly Cove nannte. Am nächsten Tag taufte er eine Bucht auf der anderen Seite des Hafens Sydney Cove.

In den 1820er Jahren entstanden vereinzelte Siedlungen im Gebiet um Manly Cove. Bis 1841 waren jedoch nur 38 Männer und 29 Frauen als Bewohner registriert, die von Fischfang und Landwirtschaft lebten. Henry Gilbert Smith (1802–1886), ein britischer Geschäftsmann aus Northamptonshire, erkannte, dass Manly – mit dem Ozeanstrand auf der einen und der feinsandigen Bucht auf der anderen Seite – ein hervorragender Badeort für die Bewohner Sydneys sein würde – ganz so, wie es Brighton für die Londoner war. In den Jahren ab 1853 begann er deshalb Land in diesem Gebiet zu erwerben.

Entlang des Ufers wurden Norfolk-Tannen (Araucaria heterophylla) gepflanzt, und bis 1855 hatte Smith eine Pier errichtet und das Pier Hotel erbaut. Im März 1856 wurde eine schmale Straße angelegt, die den Hafen mit dem Manly Ocean Beach verband. Henry Gilbert Smith nannte sie den Corso (nach einer Straße in Rom). Smith förderte zudem den Aufbau eines Fährdienstes nach Manly. Ab 1854 wurden erste Ausflugsfahrten mit dem Schaufelraddampfer The Brothers angeboten. Manly, zuvor nur durch die 70 Meilen lange Straßenverbindung über Parramatta, Hunter’s Hill, Lane Cove und Narrabeen mit Sydney verbunden, war bis zu diesem Tage de facto isoliert von der Stadt gewesen.

Auf der Alternativroute musste der Port Jackson bei Dawes Point sowie der Middle Harbour bei Spit Bridge bislang mit Ruderbooten überquert werden. Ab 1856 gab es schließlich eine unregelmäßige Fährverbindung nach Sydney. Um Besucher anzulocken, ließ sich Smith so manches einfallen. Seinem steinernen Känguru begegnet man noch heute am Eingang zum Corso. 1859 erwarb er Anteile an dem Dampfer Phantom für den regelmäßigen Fährdienst von Manly nach Sydney, der wegen seines rauchenden Schornsteins liebevoll Puffing Billy genannt wurde. Ab 1874 erweiterte die Mystery den Fährdienst zwischen Sydney und Manly.

Henry Gilbert Smith tat viel für die Allgemeinheit und wird zu Recht der Vater Manlys genannt. So stiftete er Land, auf dem Parks, Kirchen, Schulen und andere öffentliche Gebäude errichtet werden konnten. Viel von Manlys Charakter ist noch immer seiner Vision zu verdanken. Er nannte sein Projekt zunächst Ellensville, nach seiner ersten Frau, änderte den Namen aber später in Brighton. Manly wurde deshalb auch das Brighton of the South genannt. Als sich am 6. Januar 1877 das erste Stadtparlament konstituierte, wurde offiziell der Name Manly angenommen. Erster Bürgermeister wurde der Architekt Colonel Thomas Rowe.

Die heutige Stadthalle eröffnete 1937 anlässlich des 60. Jahrestages von Manly. Für annähernd ein Jahrhundert betrieb die Port Jackson Steamship Company die Fährverbindung von Sydney nach Manly. Sie war es auch, die 1940 mit dem Slogan „Seven Miles from Sydney, but a Thousand Miles from Care“ für Manly warb. 1972 wurde sie von Brambles Industries übernommen und zwei Jahre später Eigentum der Regierung von New South Wales. 1903 eröffnete Manlys erste Straßenbahnlinie, die 36 Jahre später von Bussen ersetzt wurde. Die letzte Straßenbahn verließ Manly Wharf am 1. Oktober 1939.