Zuerst kamen Händler, die sich im 5. oder 6. Jahrhundert hier niederließen und deren Nachkommen, die Swahili, die Lamu mit ihrer Sprache und ihrer Kunst prägten. Arabische Händler aus Oman brachten der Insel nicht nur Waren, sondern auch den Islam. Heute bekennt sich fast die gesamte Inselbevölkerung zum Islam. Stärkere Besiedlungen lassen sich im 14. Jahrhundert nachweisen. 1505 ankerten erstmals portugiesische Kriegsschiffe vor Lamu. Von 1506 bis 1698 wurde Lamu durch die Portugiesen beherrscht. 1698 wurde es durch Oman erobert. Der Sultan von Oman errichtete von 1812 bis 1831 das Fort, welches heute als Museum dient.

Mitte des 19. Jahrhunderts geriet Lamu unter den politischen Einfluss des Sultans von Sansibar. Von 1888 bis 1891 bestand in Lamu eine deutsche Postagentur, die die Kommunikation mit einer kurzzeitigen deutschen Besitzung im Sultanat Witu erleichtern sollte.[1] 1890 fiel die Insel durch den Helgoland-Sansibar-Vertrag gemeinsam mit Kenia unter britische Kolonialherrschaft.[2] 1963 erlangte Lamu als Teil der britischen Kolonie Kenia die politische Unabhängigkeit, der Einfluss der kenianischen Zentralregierung blieb jedoch gering, auf Lamu lebt man weiterhin sein Eigenleben.