In prähistorischer Zeit bis um etwa 2000 v. Chr. war die Gegend um Hissor von Trägern der Hissar-Kultur bewohnt, einer spätneolithischen Kulturgruppe, die vor allem in den Flusstälern des Kofarnihon und des Wachsch im Südwesten Tadschikistans verbreitet war.[1]

Im 18. und 19. Jahrhundert gehörte die Ortschaft zum Einflussbereich des Emirats Buchara (Ost-Buchara), dessen Herrscher hier eine große Festung erbauen ließen. Diese wurde dann im Jahr 1921 von der Roten Armee erobert.

Im Jahre 1929 wurde Hissor an die Eisenbahnstrecke Duschanbe–Termiz angeschlossen. Der entsprechende Bahnhof erhielt den Namen „Chanaka“.

Erst am 26. Juni 1991 nach der Unabhängigkeit des Landes Tadschikistan erhielt Hissor das Stadtrecht und wurde zum Zentrum des gleichnamigen Rajons. Im Jahr 2005 wurde der Ort als stadtartige Siedlung (шахрак) neustrukturiert.[2]