Eine reiche galicische Gräfin namens Mumadona Dias soll hier um 960 eine Klosterburg (Castelo de Vimaranes) errichtet haben. Heinrich von Burgund gab der Stadt vermutlich 1096 das erste Stadtrecht, jedoch ist die Urkunde nicht erhalten geblieben. Heinrich von Burgund machte Guimarães 1096 auch zur Hauptstadt seiner Grafschaft Portuguale und ließ um den Schutzturm des Klosters eine Burg errichten, in der (wahrscheinlich) ca. 1109 sein Sohn Alfons I. (Afonso Henriques) geboren wurde. Mit der Schlacht von São Mamede vom 24. Juni 1128 wurde die portugiesische Gräfin Theresia, die Mutter von Alfons, die zu Gunsten ihres Geliebten den Sohn von der Nachfolge verdrängen wollte, entmachtet. 1139 ließ sich Alfons nach dem Sieg über die Mauren in der Schlacht von Ourique zum portugiesischen König ausrufen und bestimmte zunächst Guimarães zur ersten Hauptstadt des jungen Reiches.[1] 1143 anerkannte Kastilien im Vertrag von Zamora die portugiesische Unabhängigkeit; im gleichen Jahr wurde die Hauptstadt nach Coimbra verlegt.[2][1]

Im 15. Jahrhundert residierten in Guimarães die Herzöge von Bragança. 1853 wurde die bisherige Kleinstadt (Vila) Guimarães zur Stadt (Cidade) erhoben.