Das Fort ist Anfang des 17. Jahrhunderts (um 1613) in der Nähe des Karibendorfes Parmirbo, des späteren Paramaribo, als eine mit Palisaden geschützte niederländische Handelsniederlassung entstanden. 1644 gab es eine einfache Verstärkung, die wahrscheinlich französische Kolonisten angelegt haben. Engländer unter Lord Willoughby übernahmen den Posten im Jahre 1651 und verstärkten die Anlage. Die mit Steinen hochgezogene Befestigung bekam den Namen Fort Willoughby.

Abraham Crijnssen eroberte das Fort 1667 zum ersten Mal und 1668 endgültig für Zeeland von den Engländern und es wurde seitdem Fort Zeelandia genannt. Im Laufe der Zeit wurde es mit fünf Bastionen ausgebaut.

Ab 1872 wurde es ausschließlich als Gefängnis genutzt. Um es als surinamisches Museum einrichten zu können, wurde es 1968 gründlich restauriert und umgebaut. Am 25. September 1972 wurde die Anlage dann an die Stiftung Surinamisches Museum übertragen.

Diese friedliche Nutzung dauerte nur zehn Jahre, denn 1982 hielten die Militärs um Desi Bouterse Einzug. Es wurde als militärisches Hauptquartier eingerichtet und diente auch als Gefängnis für Widersacher des Regimes. Am 8. Dezember 1982 wurden vom Bouterse-Regime fünfzehn Oppositionelle gefoltert und im Innenhof des Forts erschossen. Das Ereignis ist bekannt unter dem Namen „Dezembermorde“.

Nachdem die Militärs das Fort wieder geräumt hatten, wurde es Anfang 1995 erneut renoviert und wieder als Museum eingerichtet. Am 23. November 1995 öffnete das Fort Zeelandia wieder sein Tor für Besucher.