Srivijaya-kongeriget på sit maksimum omkring det 8. århundrede.

Koh Samui var oprindeligt beboet af et mindre antal malayere, muligvis helt tilbage fra stenalderen, ifølge nyere arkæologiske fund fra 2000[1]. En bronze-tromme fundet i 1977 stammer fra Dong Son-kulturen i Vietnam (500 f.Kr. til 200 f.Kr.). Fra det 7. til det 14. århundrede var Surat Thani, det nærmeste befolkningscenter på det thailandske fastland, en del af Srivijaya-kongeriget, skønt ingen skriftlige optegnelser nævner Samui eller omkringliggende øer i denne periode. Øerne dukkede først op på kort fra det 16. og 17. århundrede, Samui undertiden markeret som Pulo Cornom.[2]

Lokal folkehistorie beretter, at øen har været genstand for besøg af kinesiske købmænd for så langt tilbage som for 1500 til 2000 år siden. Det første kort med øen, dog uden navn, er et kinesisk, som dateres til 1687. I slutningen af den såkaldte Ayutthaya-periode, omkring 1700-tallet, bosatte en gruppe kinesere fra øen Hainan sig og de har givet Samui et stærkt kinesisk kulturislæt.

Navnet Samui tilskrives udtrykket »Sa Boey!«, der udtales som »Sa Mui«, som blev brugt af hainanesiske søfolk med meningen "sikker havn" (safe harbor)[3], når de fik øje på fast land, tilsvarende udtrykket »Land Ahoy«. En anden mulig forklaring er, at øen er opkaldt efter en lokal træsort, kendt som Ton Mui. Koh er det thailandske ord for ø.

Mange hainanesere udvandrede til Sydøstasien under kolonitiden og såvel købmænd som fiskere vidste, hvilke afgrøder der skulle dyrkes for at overleve. På Koh Samui blev det bomuld, som også blev øens første eksportartikel. Igennem flere år sejlede man den rå bomuld tilbage til Kina på specielbyggede både. Desværre var eksporteventyret ret kortlivet, da bomuldsplanterne blev angrebet af orm og høsten fuldstændig ødelagt. Da det var umuligt at stoppe skadedyrene skiftede kineserne hurtigt 'forretningsplan' og begyndte at dyrke kokosnødder i stedet, som siden er blevet kendetegnet for Samui. I takt med at kokosnøddeplantagerne voksede, blev der livsgrundlag for en større befolkning og endnu en hainanesisk indvandring fandt sted under kong Rama IIIs regeringsperiode (1824-1851), da kineserne syntes øen mindede dem om deres oprindelige hjemsted, den kinesiske ø Hainan. De byggede specielle både, kendt som Panuk Lang Si, der kunne transportere kokosnødderne nordpå, til det som dengang var 'den civiliserede verden'[4].