Kapucinerkrypten (ty. Kapuzinergruft) eller Kejserkrypten (ty. Kaisergruft) er fyrstehuset Habsburgs krypt i Wien.

Krypten ligger i Innere Stadt ved pladsen Neuer Markt, under Kapucinerkirke og kloster.

Kirken og klosteret blev grundlagt i 1618 og indviet i 1632. Klosteret tilhører Kapucinerordenen, der spillede en stor rolle under Modreformationen.

Der er begravet 12 kejsere og 18 kejserinder i krypten. Dertil kommer gravstederne for mange andre medlemmer af den habsburgske familie.