Det er uklart hvem, der helt præcist så øerne første gang. Imidlertid ligger det fast, at den første der beskrev øerne var Amerigo Vespucci. Øerne blev overdraget til Fernao de Loronha af Dom Manuel I ved et dekret af 16. februar 1504.

Fra 1534 til 1737 var øerne besat af henholdsvis englænderne, franskmændene og hollænderne.

Selvom øerne ved lov af 24. september 1700, var blevet lagt ind under kronen og var blevet en del af lenet Pernambuco, var det først i 1737, at 250 politifolk officielt overtog øen. For at forebygge yderligere invasioner, besluttedes det at befæste øen og forterne Nossa Senhora dos Remedios, Nossa Senhora de Conceicao og Santo Antonio blev opført. Og i 1739 blev der yderligere opført 2 forter: Sao Joao Batista dos Dois Irmaos og Sao Joaquim do Sueste. I 1772 opførtes kirken Nossa Senhora dos Remedios.

I slutningen af det 18. århundrede kom de første fanger til øen, hvilket bevirkede, at øens profil blev ændret, da man for at forhindre flygtede fanger i at kunne gemme sig, ryddede vegetationen og fældede en stor del af øens træer.

Ved en lov i 1755 besluttedes det, at den portugisiske koloni Angola, skulle yde en årlig sum af 4.000.000 real. Denne betaling stod på indtil Angolas uafhængighed i 1975.

I 1817 under den pernambucanske opstand, blev øens fanger sendt tilbage til fastlandet og i 1822 tog Pernambuco kontrol over øerne og lagde administrationen ind under krigsministeren. Øerne forblev en del af Pernambuco indtil 1877 hvor Brasiliens justitsministerium overtog kontrollen.

Efter Brasilien var blevet en republik i 1889 overgik kontrollen med øerne nok engang til Pernambuco, som i 1897 tog kontrol med øens fangelejr og omdannede den til statsfængsel. Et fængsel som den brasilianske stat i 1938 købte for 2.000.000 real, herefter blev fængslet brugt som politisk fængsel og straffekoloni.

 

I 1942 blev øgruppen omdannet til et føderalt territorium. På grund af en aftale mellem Brasilien og USA var der i perioden 1942 – 1945 udstationeret amerikanske soldater på øerne. og i perioden 1957 – 1962 opererede NASA en satellit sporingsstation på øen.

Øerne blev administreret af den brasilianske hær indtil 1981, af luftvåbenet indtil 1986 og af forsvarskommandoen indtil 1987. Det meste af øernes infrastruktur stammer fra denne periode.

Mellem 1987 og 1988 blev øerne administreret af det brasilianske indenrigsministerium, hvorefter territoriet overgik til Pernambuco, hvor det har status af statsligt distrikt (Distrito Estadual).

I marts 1996 blev der for første gang afholdt valg til distriktsrådet.