Jægere bosatte sig i Copán-dalen mellem 1100 og 900 f.Kr. De slog sig ned og blev agerbrugere. Mellem 300 f.Kr. og 150 e.Kr. var dalen formentlig igen ubeboet.

Kongeriget Copán blev grundlagt omkring 160 e.Kr.. Fra 426 herskede det samme dynasti uafbrudt i 400 år. I det 7. århundrede blev Copán en stormagt og fik sit største areal. Til kongeriget Copán hørte også byen Quiriguá.

I opblomstringsperioden mellem 695 og 763 skabte tidens bedste billedhuggere, bygherrer, kalligrafer og kunsthåndværkere prægtige templer, pyramider, altre, mayakulturens næststørste boldbane samt fint mejslede steler og reliefer. I samme tidsrum opførtes den monumentale hieroglyftrappe, mayafolkets største skriftværk, der består af mere end 2.200 skrifttegn.

Efter 763 begyndte Copáns nedgang. På grund af rigets hastige værkst var befolkningstilvæksten gået i vejret. Alene Copán-dalen havde omkring 24.000 beboere; for mange til det lokale agerbrug. Den paladsbyggende elite fortrængte bønderne til de magre bjergskråninger, som kort efter eroderede. Som følge deraf opstod der fødevaremangel, under- og mangelernæring.

I 822 besteg Copáns sidste konge tronen, men kort tid efter blev byen opgivet. I løbet af kun 200 år blev dalen stort set tømt, og den engang prægtige by blev overgroet af jungle.