Citadela Machu Picchu byla postavena kolem roku 1450 na horském sedle mezi horami na území říše Inků.[1] Archeologické datování dává roku 1420.[2] Přibližně o sto let později v roce 1572, byla náhle opuštěna, tedy v době, kdy Španělé kolonizovali Jižní Ameriku.[1][3] Je však možné, že většina obyvatel zemřela na neštovice dříve, než do této oblasti přišli španělští dobyvatelé. Zdá se, že Španělé věděli o místě zvaném Piccho, přestože nejsou žádné záznamy, že by Španělé navštívili toto vzdálené město. Dobyvatelé ničili obětní kameny v jiných oblastech, ale na Machu Picchu zůstaly nedotčené,[3] což nasvědčuje, že město Španělé nikdy nenavštívili.

Dodnes nikdo přesně neví, k čemu Machu Picchu přesně sloužilo, jelikož z období předkolumbovských výprav neexistují písemné záznamy od místních obyvatel, kteří nepoužívali písmo ve smyslu písma známého na starém kontinentě. Inkové sice byli schopni zaznamenávat informace pomocí kipu, ale v současnosti se vedou spory o to, zda se jím dalo psát, či bylo používáno pouze pro početní operace.[4] Jedna z prvních teorií o významu citadely, od amerického historika a archeologa Hirama Binghama, který na počátku 20. století Machu Picchu náhodou objevil,[5] říká, že se jednalo o posvátné místo zrození posvátných inckých žen zvaných „Sluneční panny“.[6] Výzkum vedený odborníky jako byli John Rowe a Richar Burger přesvědčil většinu archeologů, že Machu Picchu bylo sídlem vládce Inků Pachacutiho.[3] Kromě toho předložil Johan Reinhard důkazy, že místo bylo vybráno pro svou pozici ve vztahu k posvátným prvkům krajiny, jako jsou hory, které jsou údajně v harmonii s klíčovými astronomickými událostmi, které byly pro Inky významné. Další teorie říká, že Machu Picchu bylo „llaqta“ Inků, osada postavená na kontrolu hospodářství těchto podmaněných oblastí. Podle jiné teorie mohlo být Machu Picchu postaveno jako vězení pro ty, kteří spáchali činy protivící se tehdejší společnosti Inků. Další teorie tvrdí, že se jednalo o zkušební zemědělskou stanici, kde se testovaly různé druhy plodin v různých druzích mikroklimat – v různých místech a na různých terasách, protože zde nebyl dostatek prostoru na pěstování plodin ve velkém měřítku, ale dostatek prostoru na určení toho, co by mohlo kde růst.[7]

Archeologové předpokládají, že město vzniklo mezi 13. až 15. století, i když většina indicií naznačuje, že se stavbou bylo započato někdy mezi roky 1440 až 1450[8] na popud inckého vládce Pachacúteca Yupanquiho.[9] Jiné zdroje ale uvádějí dataci mezi lety 1460 až 1470.[10] Přesné určení zahájení stavby komplexu je však složité, jelikož Inkové nezanechali písemné zdroje, ze kterých by bylo možno čerpat (až na zmiňované kipu v podobě zauzlovaných provázků).

I když se město nacházelo jen 80 km od města Cuzco, hlavního města Inků, nebylo nikdy objeveno Španěly, a tedy následně ani vydrancováno a zničeno, jak se stalo s množstvím jiných měst Inků.[3] Po pádu říše Inků město začala obklopovat džungle, která ho postupně zarůstala a pouze pár lidí vědělo o jeho existenci. 24. července 1911 bylo město znovuobjeveno americkým historikem Hiramem Binghamem v rámci expedice pořádanou Yale University[11] poté, co byl do města doveden jedenáctiletým kečuánským chlapcem Pablitem Alvarezem.[12] Bingham jako první spatřil místo dnes nazývané Královská hrobka.[13] Po archeologickém průzkumu oblasti se Bingham navrátil do vlasti, kde svůj objev zveřejnil. Ohlas, který objevení města vyvolalo, vedlo k spoluúčasti Yale University a National Geographic Society na druhé expedici odehrávající se mezi lety 1912 až 1915.[11]

Bingham nazval objevené město „Ztracené město Inků“, pod stejným názvem vyšla i jeho první kniha. Velký ohlas a zájem mezi veřejností o Machu Picchu způsobilo vydání dubnového čísla od National Geographic Society z roku 1913, které se městem zabývalo. Bingham původně hledal město Vilcabamba, poslední útočiště a centrum odporu proti španělským dobyvatelům v Peru. V roce 1911 náhodou narazil na místní obyvatele, kteří mu o městu pověděli a následně ho do něho i zavedli.[11] Během druhé expedice Bingham shromáždil velké množství artefaktů (např. kosti, kovové předměty, keramiku). Ty později odvezl do USA.[11] Tyto předměty jsou předmětem sporů mezi Yale University a peruánskou vládou, která požaduje jejich navrácení.[14]

I když byl Bingham první osobou, která objevila Machu Picchu pro širokou veřejnost, město bylo již před ním navštíveno západními cestovateli. Simone Wasibard, dlouholetá průzkumnice Cuzca, prohlásila, že Enrique Palma, Gabino Sánchez a Agustín Lizárraga zanechali svá jména na jednom z kamenů Machu Picchu již 14. července 1901. V roce 1904 inženýr Franklin zahlédl ruiny města ze vzdálené hory. Své pozorování sdělil anglickému křesťanskému misionáři Thomasi Paynovi, který v oblasti žil. V roce 1906 údajně Payne a další misionář Stuart E. McNairn vyšplhali k ruinám města, jak dokládají výpověďmi potomci Payna. Město bylo možná navštíveno a vykradeno v roce 1867 německým obchodníkem Augustem Bernsem.[15] Existuje však i záznam hovořící o možné návštěvě města německým inženýrem Jorgem von Hasselem, jehož mapa objevená historiky ukazuje pozici města již v roce 1874.[16]

Oblast 325,92 km² okolo Machu Picchu byla v roce 1971 vyhlášena za historickou památku Peru. Vyjma samotných ruin města spadá pod ochranu také okolí lokality, bohaté na množství rostlinných a živočišných druhů. V roce 1983 byla památka navržena na seznam světového dědictví jako „absolutní odborné architektonické unikátní svědectví Incké civilizace“.[17] Město se do 20. století zachovalo v dobrém stavu, k čemuž přispělo přibližně 5 století, kdy bylo město zakryto okolní džunglí. Jediné co se nedochovalo, tak byly původní střechy tvořené pravděpodobně z materiálu na bázi sena.[8]

7. července 2007 bylo Machu Picchu v internetovém hlasování prohlášeno za jeden ze sedmi nových divů světa.[18] Hlasování bylo vyvoláno švýcarsko-kanadským dobrodruhem Bernardem Weberem, od akce se ale distancují kritikové i organizace UNESCO. Světový památkový fond zařadil v roce 2008 Machu Picchu na seznam 100 nejvíce ohrožených památek na světě, jelikož v jeho okolí dochází k poškozování prostředí vlivem nárůstu turistů.[19] Dále pak nekontrolovaného rozvoje blízko ležícího města Aguas Calientes, v jehož rámci dochází k výstavbě mostu přes řeku Vilcanota a vlaku pro snazší přísun turistů k památce, a to i přes prohraný soud a protesty vlády.[20]

 

Pohled na Machu Picchu z Huayna Picchu, ukazující přístupovou cestu nazvanou „Hiram Bingham Highway“. Cesta je používána turistickými autobusy pro dopravu z a do města Aguas Calientes.