L'illa d'Unalaska primer va ser habitada pels aleutians, els quals la van anomenar «Ounalashka», significant «prop de la península». Van desenvolupar una societat complexa i intricada molt abans del primer contacte comerciants de pell russos qui documentarien la seva existència.

Les illes Unalaska i Amaknak contenien 24 assentaments amb més de 1.000 habitants aleutians el 1759, quan el primer grup sota les ordres de Stepan Glotov hi arribà i comercialitzà per tres anys a Umnak i Unalaska. Entre el 1763 i 1766, un conflicte entre els comerciants de pell russos i els natius d'Unalaska ocorregué; els aleutians van destruir quatre vaixells russos i van matar a 175 caçadors i comerciants. Solov'ev després retornà a Unalaska i va dirigir la massacre de multituds de natius. En la dècada del 1760, Unalaska era temporalment usat com a lloc comerciant de pell rus.[1] Aquest lloc comerciant va ser establert permanentment el 1774,[2] i eventualment s'incorporà a la Companyia Russo-Americana. Fou allí on el capità James Cook es trobà amb el navegador Gerasim Izmailov el 1778.

El 1788, els espanyols van contactar amb els russos a Alaska pel primer cop. En una expedició d'Esteban José Martínez i Gonzalo López de Haro, aquests visitaren diversos assentaments russos. La seva visita més occidental fou cap a Unalaska. El 5 d'agost del 1788 van reclamar Unalaska per a Espanya i la van anomenar Puerto de Doña Marie Luisa Teresa.

El 1825, l'església ortodoxa russa Church of the Holy Ascension va ser construïda a Unalaska. El sacerdot fundador, Ivan Veniaminov, més tard canonitzat com a Sant Innocenci d'Alaska, va compondre el primer sistema d'escriptura aleutià amb assistència local, i va traduir escriptura a l'aleutià. Entre el 1836 i 1840, epidèmies de xarampió, varicel·la i tos ferina dràsticament reduïren la població; d'aquesta manera, a finals de la dècada, tan sols 200 a 400 aleutians vivien a Unalaska.

El 18 d'octubre del 1867, els Estats Units van comprar Alaska, fent Unalaska esdevindre territori estatunidenc.

El 1880, l'església metodista va obrir un col·legi i una clínica per a orfes d'Unalaska. Entre el 1899 i 1905, la febre de l'or de Klondike va portar molts vaixells a través de Dutch Harbor, on la Companyia Comercial d'Amèrica del Nord tenia una estació de carbó.

Durant la primera meitat del segle xx, l'illa va ser devastada per nombroses epidèmiques, primer el 1900, i després el 1919 la grip espanyola arribà a l'illa; aquestes epidèmiques feren decréixer la població d'Unalaska.

Els Estats Units van començar a fortificar Dutch Harbor el 1940, resultant en la construcció de la Dutch Harbor Naval Operating Base and Fort Mears. El 3 de juny del 1942, el poble va ser atacat per forces japoneses en la batalla de Dutch Harbor, que fou part de la campanya de les illes Aleutianes de la Segona Guerra Mundial. Després de l'atac i l'ocupació dels japonesos de l'illa d'Attu, quasi tota la població de l'illa quedà arrestada. Molts van ser mentinguts, en condicions pèssimes, en camps al sud-est d'Alaska durant tota la guerra; un nombre substancial d'interns van morir durant l'empresonament.[3]

Començant en la dècada del 1950, Unalaska va esdevenir el centre de la indústria pesquera de crancs reals; el 1978 ja era el major port pesquer dels Estats Units. Va empobrir la indústria una caiguda en el nombre de cracs reals el 1982, i els mitjans dels anys 1980 van veure una transició a pesca de fons.[4] Des del 2005, la sèrie de documentals de televisió Deadliest Catch de Discovery Channel ha estat centrat en pescadors que es basen a Dutch Harbor.