A l'indret d'Akrotiri[1] hi hagué una població important de l'edat del bronze, que fou destruïda per un terratrèmol l'any 1550 aC i, després de ser reconstruïda, fou destruïda novament, i de manera definitiva, per l'erupció minoica poc més tard. El jaciment arqueològic d'Akrotiri, excavat de l'any 1967 ençà, es troba en perfecte estat de conservació gràcies al fet que va ser cobert per les cendres del volcà (semblantment a Pompeia amb el Vesuvi).

El volcà submarí, al llarg de la història, ha produït les illes de Santorí i Therasia, Hiera o Palea Kameni (106 aC), Tia o Nea Kameni (4 dC), i una altra a prop de Thera l'any 47, i en posteriors erupcions els anys 727, 1427, 1573, 1707 s'ha anat modificant de forma.[2][3]

La tradició diu que Tera sortí de la mar, i que fou anomenada Cal·liste i poblada pels fenicis, dirigits per Cadme. Al cap de vuit generacions, es diu que la poblaren espartans dirigits per Teras, fill d'Autesió, que donà nom a l'illa. Batos de Tera fundà (631 aC) una colònia a Àfrica, anomenada Cirene, que tingué molta importància en la història; Batos fou el fundador de la dinastia batíada de Cirene.

Tera tenia set districtes, dels quals només dos noms (Eleusis i Oa) són esmentats per Ptolemeu, i un tercer (Melanea) s'ha trobat en una inscripció. Al començament de la Guerra del Peloponnès feu costat a Esparta, però després formà part de la Lliga de Delos dirigida per Atenes, i ja no es tenen dades de la seva història. Fou possessió romana i al segle v seu d'un bisbat. Se suposa que patí atacs dels àrabs de Creta al segle ix i dels àrabs de Sicília i corsaris europeus occidentals més tard. El 1154 Al-Idrisi diu que estava deshabitada; fou el primer que l'esmenta com Santurini del nom grec (derivat de Santa Irene, la patrona).[2]

Va restar possessió romana d'Orient fins que passà als venecians el 1205, el primer cavaller en fou Iacopo Barozzi, i la incorporà al Ducat de Naxos.[4] Fou ocupada pels otomans el 1537 (Khayr al-Din Barba-rossa), però evacuada, i ocupada després definitivament el 1576 per Piyale Pasha. Va restar en poder dels turcs (per un temps formà part del Ducat de Naxos concedit pel soldà a Josep Nasi) durant segles, però amb força autonomia a partir del segle XVII; va patir algunes incursions de pirates venecians, tot i que els habitants eren cristians i no hi havia població musulmana; del 1768 al 1774 fou ocupada pels russos. El 1821 es revoltà contra els turcs i restà dins Grècia en la independència del país. El 1831 es va revoltar sense èxit contra el seu primer governador grec, Capodistria. El 1832 l'Imperi otomà va reconèixer la possessió de l'illa a Grècia pel tractat de Constantinoble.

L'any 1956 va patir un devastador terratrèmol.

L'any 1967 es van iniciar les excavacions arqueològiques de l'important jaciment d'Akrotiri. La repercussió d'aquesta excepcional troballa, unida a l'obertura de l'aeroport (el 1972) i la incorporació de l'illa als circuits habituals dels creuers, van contribuir decisivament a l'expansió de Santorí com a destinació turística.