L'explosió d'una caldera volcànica és visible al contorn actual de l'illa

L'aspecte actual de Santorí es deu al fet que en aquest petit arxipèlag hi ha el cràter de l'únic volcà actiu de la mar Egea; de fet, l'última erupció ocorregué l'any 1711.[1] Gràcies a això, les illes són molt fèrtils, i és per això que, durant la construcció del canal de Suez, aquestes s'utilitzaren com a pedrera per la facilitat d'extreure terra dels seus penya-segats i produir un ciment d'excel·lent qualitat.[2]

L'activitat duta a terme durant la dècada de 1859-1869 fou decisiva perquè es trobessin les restes arqueològiques millor conservades després de les de Pompeia i Herculà. El químic M. Christomanos i el mineralogista M. Alafousos van ser els primers a adonar-se de la magnitud de la descoberta, en trobar una casa tota intacta. També per aquestes dates el vulcanòleg francès Ferdinand Fouqué va fer-hi alguna excavació. Però fou sobretot amb la intervenció de l'Escola Francesa d'Arqueologia, amb Herni Mamet i Henri Gorceix, quan es realitzà de manera sistemàtica l'excavació de l'illa, i més endavant, gràcies a l'impuls de la Societat Arqueològica d'Atenes amb Spirídon Marinatos (anys seixanta del segle xx) i Khristos Dumas (anys setanta del segle xx), se'n va establir un mètode correcte d'extracció de les restes.[3][4]

Els vestigis trobats a Akrotiri corresponen al final de l'edat del bronze, minoic recent, també denominat dels «segons palaus» o «període neopalatí» (1600 aC-1450 aC), tot i haver-s'hi trobat restes pertanyents al bronze antic i mitjà. El procés de destrucció de l'illa fou lent, segons diversos estudis realitzats, i se n'estableixen diverses fases. En un primer moment, hi hagué una gran activitat sísmica que va provocar l'abandonament de l'illa, tot i que s'ha documentat una posterior repoblació que va portar feines de drenatge i restauració d'aquells edificis derruïts. En el moment en què s'estava portant a terme aquesta reparació, es va produir un segon terratrèmol que comportà l'erupció del volcà (anomenada també erupció minoica) i el consegüent enfonsament de l'illa. Les investigacions realitzades pels vulcanòlegs van descobrir una primera capa fina de pedra tosca, seguida d'una altra de la mateixa pedra i una deposició de cendra volcànica de més de 50 metres de gruix.[5]

Tanmateix, no ha estat possible establir una data exacta de la destrucció d'Akrotiri:

La datació per carboni-14 la situa entre el 1700 i el 1610 aC[5] L'estudi de cendres dipositades a l'illa de Groenlàndia, cap a 1645 aC Els estudis de dendrocronologia realitzats en arbres de Califòrnia la daten del 1626-1628 aC Molt similar a les anàlisis efectuades en un fragment de branca d'olivera trobat al mateix jaciment, 1627-1600 aC

L'absència de restes humanes ha portat a pensar que van poder fugir a temps, però no se sap res sobre el seu destí, ja que no apareixen anomenats en cap font escrita, per la qual cosa s'ha establert la hipòtesi que, a conseqüència de l'enfonsament de la part central de l'illa, es produís un tsunami que ho va arrossegar tot al seu pas.[5]

Després d'estar un temps abandonada, al segle ix aC, es fundà la colònia espartana de Thera, nom amb el qual es coneix actualment l'illa, que continuarà en peus fins a l'època romana. La influència cristiana es feu sentir al segle iv en construir basíliques sobre els temples grecoromans. A l'època contemporània, passarà de mans venecianes a turques, i finalment a gregues.