L'origen de San Pedro de Rochas és anterior al 573, any en què, segons es diu en una inscripció d'una làpida de l'església del monestir (que ara es conserva en el Museu Arqueològic Provincial d'Orense), cinc dels seus habitants (Eufrasi, Eusani, Quinedi, Eati i Flavi) van rebre algun tipus d'herència. Està lligat a l'evangelitzador Martí de Braga (també conegut com a Martí de Dumi) en època sueva.

A principis del s. VIII és abandonat a causa dels atacs que sofreix per part dels musulmans. En un document datat del 1007, que recull els privilegis atorgats pel rei Alfons V de Lleó, es relata que, al segle ix, un cavaller anomenat Gemodus en una cacera va trobar les ruïnes d'un monestir, o unes capelles excavades i ell i els seus companys van quedar-s'hi a viure com a religiosos. Es creu que aquesta història és una llegenda.

L'origen del monestir, com el de la majoria dels monestirs de la Ribeira Sacra, és eremític associat al començament del cristianisme en terres gallegues. El pas d'orar en solitari (vida eremítica) a orar en comunitat (vida cenobítica) és evident en aquest lloc. També hi ha constància d'eremites als voltants de San Pedro de Rochas fins al segle xv.

Alfons III d'Astúries hi implanta la regla benedictina i dota, al llavors ja cenobi, de grans donacions que els seus successors, Alfons V el 1007, Alfons VII, Ferran IV i Enric III, confirmen i augmenten.

Al segle xi un incendi destrueix gran part del monestir, que és reconstruït amb ajut de l'abat Aloit i la comunitat de Celanova. Des de l'any 1199 el monestir de San Pedro de Rochas esdevé el priorat més important del monestir de San Salvador de Celanova, encara que sembla que s'uneix a aquest monestir definitivament al segle xv. Anteriorment havia depés del monestir de San Estevo de Ribas de Sil.

Un altre incendi torna a consumir el conjunt monacal l'any 1640. La reconstrucció que s'hi feu llavors li dona l'aspecte actual, que va passar a ser casa rectoral una vegada abandonat pels monjos.[1]

Després de la desamortització de Mendizábal el 1836 passa a ser parròquia, i es tanca al començament del segle xx per les nombroses ensulsiades que s'hi produeixen i per ser novament consumit per la flames. És cedit a la Ciutat dels Nois de Bemposta, que li retornen una mica de vida. L'any 1923 és catalogat com a Bé d'interès cultural i es posen mitjans per conservar-lo.[2]