Els primers reis del Congo dels quals es té registre, en la seva correspondència amb els reis de Portugal, es refereixen a la ciutat amb el nom de "ciutat de Congo" (cidade de Congo), i el nom de "São Salvador" apareix referit per primera vegada en les cartes d'Álvaro I (1568 a 1587), costum que va ser continuada pels seus successors, si bé hauria estat el rei Afonso I, monarca entre 1509 i 1542, qui havia realitzat el canvi formal de nom.[1]

En 1507, després de la mort de João I,[1] es va desenvolupar en els voltants de la ciutat una batalla per la successió del tron, en la qual es van enfrontar Afonso (fill del mort monarca), i el seu mig germà, Mpanzu a Kitima (o Mpanzu a Nzinga), sortint victoriós el primer.

Quan els portuguesos van arribar al Congo, Mbanza Kongo ja era una gran ciutat, tal vegada la més gran en tota l'Àfrica sub-equatorial. Un visitant a principis de 1491 va comparar la seva grandària al de la ciutat portuguesa d'Évora. Durant el regnat d'Afonso I, es van construir diversos edificis de pedra, entre ells un palau i diverses esglésies. La ciutat va créixer considerablement a mesura que el regne del Congo es va anar expandint: una declaració eclesiàstica de la dècada de 1630 relatava que s'havien realitzat entre 4000 i 5000 baptismes a la ciutat i les seves zones immediatament limítrofes (presumiblement les valls que l'envolten), la qual cosa és coherent amb les dades que llancen un total de 100.000 habitants a la ciutat per a aquesta època. D'aquests, uns 30.000 vivien a la muntanya i la resta a les valls al voltant de la ciutat. Entre els seus edificis importants s'explicaven una dotzena d'esglésies, incloent la catedral de San Salvador i capelles i oratoris privats, i un impressionant palau reial de dos pisos, l'edifici únic d'aquesta naturalesa en tot el Congo, segons el viatger Giovanni Francesco da Roma (1648).

La ciutat va ser saquejada diverses vegades durant les guerres civils que van seguir a la batalla de Mbwila de 1665, la primera d'elles en 1668 i va ser abandonada en 1678, després de ser arrasada per les tropes del pretendent al tron Pedro III.[2] L'urbs va ser reocupada breument pels diferents prínceps en disputa, així: per Manuel I (amb el suport de la Princesa de Soyo) en 1690, per João II en 1696 i una mica més tard, aquest mateix any, per Pedro IV. En els primers anys del segle xviii, el mateix Pedro IV del Congo, va enviar colons a ocupar l'antiga capital ara abandonada, però no va ser sinó fins a 1705, quan es va establir un població estable, amb els seguidors de la líder religiosa Beatriz Kimpa Vita, cap de l'heretgia antonianista. La ciutat va ser restablida com a capital del Regne per Pedro IV en 1709. No va tornar a ser despoblada, encara que la seva població va fluctuar considerablement entre els segles xviii i xix.

Va ser fins al cap de la independència d'Angola en 1975 que es va reemplaçar el nom portuguès per l'antic nom bantu de la ciutat.[3]