Els primers homes dels quals s'han trobat rastres sobre aquestes illes vivien ara fa uns 6000 anys de la caça (cérvol, os, ren, castor…) i pesca (peix, foca i balena). Fa 4000 anys, el blat va començar a ser conreat.

L'illa de Vestvågøy va ser un lloc important de la civilització vikinga.

Al segle xii les illes Lofoten van conèixer un desenvolupament important amb el comerç del bacallà assecat que es venia a tot Europa. A aquesta època, les illes Lofoten depenien de Bergen, ciutat hanseàtica.

Les illes han estat almenys durant els últims 1000 anys al centre de la pesca del bacallà, especialment durant l'hivern quan el bacallà migra cap al sud des del mar de Barents i es reuneix a les Lofoten per a fer la fresa. Durant la primavera els bacallans posats a assecar sense salar, el que al nostre país es coneix com a "peixopalo", formen part del paisatge de les illes.

La pesca va agafar un gran desenvolupament a partir de 1860, amb els immensos bancs d'arengs que venen a fer la fresa a l'hivern a les aigües calentes del corrent del golf. La pesca de les illes Lofoten representa fins a 80% de les exportacions de Noruega. Els ports de pesca pertanyen a un propietari que lloga els rorbu (cabana de pesca sobre pilars).

El 3 de març de 1941, els comandos britànics van llançar un atac[1] contra les Lofoten en el qual van destruir diverses fàbriques d'oli de balena, dipòsits petrolers i 11 vaixells, a més de capturar equipament d'encriptació, llibres de claus, 216 alemanys, i 315 noruecs van acompanyar els britànics quan van partir cap a Gran Bretanya.