El lloc de Nerellà s'esmenta a l'Acta de consagració de la Catedral de la Seu d'Urgell l'any 839.[1] Surt citada com església per primer cop el 1003 com a Sancta Eugenia qui est in Neriniano. Va ser edificada al segle xii sobre l'anterior església preromànica.[2] Posteriorment fou totalment reformada entre els segles xv i xviii, quedant només íntegre de la construcció romànica el campanar de torre de tres pisos, que es troba perillosament inclinat.

Fou declarada monument historicoartístic nacional l'any 1984, i és l'únic campanar de torre romànic conservat a la Cerdanya.[3]

En el període de la Guerra Civil, els polítics locals de Bellver de Cerdanya van oposar-se a l'entrada a la població dels membres del Comitè de Puigcerdà (i anarquistes). L'episodi a Bellver pel Cojo de Málaga, no va tenir precedents arreu de la comarca. El grup d’extremistes, en no poder entrar a Bellver es va desplaçar a cremar les esglésies de la Batllia, entre les quals la de Santa Eugènia de Nerellà.[4]

És una advocació força comú a terres catalanes, més enllà del sentit etimològic derivat de la llengua grega (‘la ben nascuda’). Per entrar en religió, Santa Eugènia és vestí com un home, i sota aquesta aparença assoli la dignitat d’abat. La seva mort a Roma, un dia de Nadal, a mans d’un anònim gladiador que li va perforar la gola, va concloure una llarga vida d’ensenyament i predicació de la fe cristiana.[3]