L'origen de la ciutat se situa en un antic castell sarraí, citat en documents de 1120. Va ser conquerit per Ermengol VI d'Urgell en 1145. Durant tota l'Edat Mitjana i inicis de l'Edat Moderna, la majoria dels seus habitants van ser musulmans als quals se'ls va concedir un règim jurídic especial que va prevaldre fins a la seva expulsió en 1610. Va ser possessió de la corona fins a 1212, any que es va formar la baronia d'Aitona. El 1233 va quedar en mans de la família Montcada.

El topònim és d'origen àrab, en documents antics apareix sota el nom d'Azitona (segle xii). Probablement prové del mot àrab zäituna, «oliva».[1]