Строителството на манастира започва през интернационалния готически стил през 1385 г. по оброк на крал Жоау I, в знак на благодарност към Дева Мария за удържаната от краля победа над кастилците в битката при Алжубарота.

Шест последващи крале продължават изграждането на манастира и са намерили тук последен покой; в тяхното число са Дуарте I и принц Енрике Мореплавател. Строителството спира само през 1517 г., когато основните сили са съсредоточени за изграждането на манастира Жеронимуш в Белен. През XIX век в Баталя са провеждани мащабни възстановителни работи, а през 1980 г. там е открит национален музей.