公元前3世纪，圣吉米尼亚诺形成伊特鲁里亚人的村落。10世纪开始见于文献记载，以赶走匈人阿提拉的当地主教吉米尼亚诺来命名此地。在中世纪和文艺复兴时期，该城是前往罗马朝圣的人们歇脚之处。该城的发展还得益于附近肥沃丘陵地带的农产品贸易。1199年，该市正处于繁荣顶峰时期和取得独立。教宗联盟和皇帝联盟之间的分裂困扰着这个中世纪城镇的内部生活，不过他们还是设法用艺术品和建筑来修饰自己。

这座城市的名字来自于公元397年在此地逝世的天主教圣人吉米尼亚诺。

1300年5月8日，圣吉米尼亚诺接待但丁·亚利基利担任教宗联盟驻托斯卡尼大使。

该市的繁荣结束于1348年黑死病袭击欧洲，迫使它屈从于佛罗伦萨。圣吉米尼亚诺演变为次要城镇，直到19世纪开始成为旅游和艺术胜地。