沙赫里薩布茲曾是中世纪西域古国史国（Kess）在国力强大之后的国都，史国早先的国都，不在竭石，而是在独莫水（卡什卡河）南十里。

沙赫里薩布茲后来是是帖木尔帝国缔造者帖木尔的诞生地，1380年，帖木尔将沙赫里薩布茲作为他夏日的居住地，并设为帖木尔帝国的陪都，建设新的宫殿。在沙赫里薩布茲，他还建立了一座白色的和清真寺，里面安葬他父亲塔剌海的遗体。他也为自己建造了一座清真寺；后来他的长子贾汉吉尔也安葬在里面。[1]。

1500年至1920年，沙赫里薩布茲属于布哈拉汗国。