在罗马人占领这片土地后建立了这座城市，称之为 Occelum Durii 或 Ocellodurum（杜罗河之眼）。在之后的西哥特人统治时期被称之为“Semure”。

在摩尔人统治时期以“Semurah”或“Azemur”的名字闻名，在阿斯图里亚斯天主教王国的建立后，一直是战略边防哨所，在8世纪至11世纪期间，因其重要的战略地位，成为一个戒备森严的城堡型城市，也一直是摩尔人和天主教在西班牙土地上的一个重要战场。最终在11世纪被天主教光复后被亨利四世授予“最神圣和最忠实的城市”称号。

萨莫拉发生的最著名的历史事件是卡斯蒂利亚国王桑乔二世在1072年在萨莫拉城墙外被暗杀。在事件发生的几十年前，莱昂国王费尔南多一世把他的王国划分后分给他的三个儿子与一个女儿，之后他的三个儿子一直都相互争斗，直至最后桑乔成为最后的胜利者，而他的姐姐乌拉卡（英语：Urraca of Zamora）依然反抗他，之后桑乔二世在一次由贵族Bellido Dolfos策划的私人会议中被其谋杀。在之后的15世纪里，萨莫拉因为其重要的战略地位，再次战争不断。由此产生了一句西班牙谚语：“No se ganó Zamora en una hora”，相当英语谚语中“Rome wasn't built in a day”。

在12世纪，这座城市因战略地位显得格外重要，成为当时里昂王国最重要的城市，如今全市保留许多那个时候的建筑物与教堂。在接下来的几个世纪里，这座城市逐渐失去了它的政治和经济意义，不过却作为一座古城一直很好的保存了下来。