人们认为马丘比丘是印加统治者帕查库蒂于1440年（一說1420年）[1]左右建立的，直到1532年西班牙征服祕魯时都有人居住。考古学的发现（加上最近对早期殖民文件的解读）显示马丘比丘并非普通城市，而是印加贵族的乡间修养场所（类似罗马庄园）。围绕着庭院建有一个庞大的宫殿和供奉印加神祇的庙宇，以及其他供维护人员居住的房子。据估算，在马丘比丘居住的人数在高峰时也不超过750人，而在没有贵族来访的雨季时就更少了。

印加王国选择在此建立城市可能是由于其独特的地理和地质特点。据说马丘比丘背后的山的轮廓代表着印加人仰望天空的脸，而山的最高峰「瓦纳比丘」代表他的鼻子。印加人认为不该从大地上切削石料，因此从周围寻找分散的石块来建造城市。一些石头建筑连灰泥都没有使用，完全靠精确的切割堆砌来完成，修成的墙上石块间的缝隙还不到1毫米宽。

1913年，美國國家地理雜誌用了整个4月刊来介绍马丘比丘，这处遗址也因此受到了广泛的关注。

2003年有大约400,000人参观马丘比丘，联合国教科文组织对大规模旅游对遗址带来的损害表示关注。当局坚称这不是问题，遗址的偏僻会给旅遊业形成天然的限制[2]。不断有建议要在遗址修建缆车，但至今一直未获批准[3]。

智利诗人巴勃罗·聂鲁达在他最著名的作品之一，访问马丘比丘后写下的长诗《马丘比丘之巅》中赞道：

我看见石砌的古老建筑物镶嵌在青翠的安第斯高峰之间。激流自风雨侵蚀了几百年的城堡奔腾下泄。……在这崎岖的高地，在这辉煌的废墟，我寻到能续写诗篇所必需的原则信念。

1911年的7月24日，美国历史学者海勒姆·賓厄姆三世让西方世界注意到了马丘比丘。他被熟悉此地的本地人带到马丘比丘。这位受争议的探险家-考古学家在这里完成了一份该地区的考古学报告。賓厄想出了「失落的印加城市」这个吸引人的名字，并用作他第一本书的书名。

2002年，其他不为人知的二十世纪探险家留下的足迹被人发现，这些发现显示賓厄姆当初为了成为公认的马丘比丘发现者而故意掩盖了这些痕迹。

虽然发现马丘比丘的功劳落到了賓厄姆的头上，长期研究库斯科的Simone Waisbard仍然坚称马丘比丘的发现者另有其人，最先到访这里的是Enrique Palma，Gabino Sánchez和Agustín Lizárraga，他们于1901年7月14日将名字刻在了一块岩石上。而賓漢最初实际上在寻找的是维特科，印加帝国在西班牙征服祕魯时期最后的避难所和反抗据点。反复探索这个区域之后，他在1911年被居住在遗迹所在地的当地奇楚亚人带到了马丘比丘。賓漢之后又几次到访这里并进行挖掘，直到1915年。在他写的几部关于马丘比丘的发现的书籍中，《失落的印加城市》一书大为畅销。

美國考古學家海勒姆·賓厄姆三世於1911年以租借為名，從馬丘比丘帶走4千多件古文物回耶鲁大学。尽管祕魯政府长期要求，这些文物長期未被归还。

為了古物祕魯與耶鲁大學追討多年，甚至訴諸法律，最後美國歐巴馬總統在祕魯總統遊說下，親自與耶魯大學進行道德勸說希望讓步，終於在2011年耶魯大學退讓，願意歸還第一批、總計366件文物，這些文物于2011年3月30日星期三，運抵祕魯總統府[4]。并于2012年11月歸還最後一批35000個陶瓷碎片[5]。