庫斯科是過去印加帝國的首都，也是印加文明的商業、農業與宗教中心。根據傳說，在11到12世紀時，第一位印加國王曼科·卡派克建立了庫斯科。今日在庫斯科，印加宮殿的花崗岩牆壁仍然存在，紀念碑和太陽寺廟也都還保留著。明代《坤輿萬國全圖》稱之為“故私哥國”。

1532年，169個由法蘭西斯克·皮薩羅率領的西班牙士兵和土著盟邦士兵在經過數年準備和作戰後，在卡哈馬卡戰役中俘虜了並處決了薩帕·印卡阿塔瓦爾帕，最後南下印加首都。西班牙軍隊在11月攻陷城市大肆搜刮掠奪，最終在統治時期時拆毀了庫斯科的所有印加建築，在廢墟上建造了另一座西班牙城市，並且繼續殖民、開發前印加地區。

1950年5月21日的一次地震在庫斯科造成嚴重破壞，導致該市三分之一以上的建築受損，1983年，庫斯科的古城成為世界遗产。自 1990 年代以來，旅遊業有所增加。目前，庫斯科是秘魯最 重要的旅遊目的地。