瓜纳华托于1554年建立，并于1741年设立为城市。这一地区历史上是墨西哥的一个白银开采基地，现保留了一些有价值的西班牙殖民时期建筑。

西班牙语中的“Guanajuato”这一地名来自塔拉斯坎语的“Quanaxhuato”或“Kuanasiutu”[1]，意思是“Hill of Frogs”（一块在城外看像青蛙的大岩石）。[2][3] 在当地的宗教里，青蛙代表上帝的智慧。

城市最初沿着瓜纳华托河建造，但由于多年洪水泛滥，这里选择了提高建筑物高度的解决方式。在20世纪中叶，工程师建立了大坝，并将河改道至地下溶洞里。该隧道设置照明，并铺设鹅卵石供汽车行驶，这个地下道路网络至今仍服务于城市大多数汽车的行驶，这也是这个城市的一个最大的特点之一。

由于瓜纳华托是瓜纳华托州的政治中心，该市在由米格尔·伊达尔戈·伊·科斯蒂利亚领导的墨西哥独立战争中发挥了重要作用。埃尔皮派拉和Alhóndiga de Granaditas两个建筑记录了那段历史。[4]