柏林是一座很古老的城市。这里最初是易北河东北的一片沼泽地，有西斯拉夫人部落的两个聚落点，名字分别是柏林（Berlin）和科恩（Cölln）。直到12世纪，日耳曼人驱逐定居在这里的斯拉夫人后，才在施普雷河畔建立两个村镇，并且沿用其斯拉夫名字。柏林在1237年建成，位于施普雷河东岸，是商人的聚居区，科恩位于施普雷河西岸，是渔村。

1307年，柏林和科恩合成为一市，名字定为柏林，在阿斯坎尼家族的统治下成为重要的商业中心。14世纪，柏林加入波罗的海和北欧的重要商业同盟——汉萨同盟。但是此时的柏林只是神圣罗马帝国边疆的一个普通城镇。

1411年，来自德国西南地区的霍亨索伦家族的腓特烈出任边境总督（Markgraf），平定该地区的战乱，并成为勃兰登堡选帝侯。从1415年起，柏林成为勃兰登堡选帝侯的首府。1640年到1688年，腓特烈·威廉（大选帝侯）大幅強化中央集權，建立絕對君主制政體。1688年其子腓特烈一世繼位後，开创柏林在文化和艺术上的繁荣，他兴建夏洛滕堡宮、军械库、教堂和波茨坦离宫，为柏林赢得“施普雷河畔的雅典”的美誉。

1701年，选帝侯腓特烈一世加冕为普鲁士国王，柏林成为普鲁士王国的首都。从18世纪的腓特烈·威廉一世和腓特烈大帝开始，柏林在中世纪的老城区西部修建大量的巴洛克式和洛可可式建筑，组成被称为腓特烈城(柏林)（德语：Berlin-Friedrichstadt）（Friedrichstadt）的新城区。其西部边界是三座广场及城门：巴黎广场和勃兰登堡门（Pariser Platz und Brandenburger Tor）；莱比锡广场和波茨坦门（Leipziger Platz und Potsdamer Tor）；美盟广场（德语：Belle-Alliance Platz）和哈勒门（Belle-Alliance Platz und Hallesches Tor）。

柏林在七年战争中曾被奥地利和俄国军队占领，1806年被法国军队占领。虽然城市没有遭到严重的破坏，但是拿破仑下令将勃兰登堡门上的胜利女神马车拆下来运回法国，直到1814年才歸還。

从19世纪初开始，柏林再次进行大规模扩建。建筑师朗汉斯（德语：Carl Gotthard Langhans）（Carl Gotthard Langhans）和申克尔（Karl Friedrich Schinkel）修建众多新古典主义纪念建筑，如国家剧院、远古博物馆、国立美术馆、勃兰登堡门、菩提樹下大街，以及博物馆岛的众多博物馆建筑：老博物馆、新博物馆、国家美术馆、帕加蒙博物馆、腓特烈皇帝博物馆。柏林再次获得“施普雷河畔的雅典”的雅号。

另一方面，普鲁士皇家园林总监林奈对柏林的城市绿化作出出色的规划，建设以蒂尔加滕公园为中心的大规模城市绿化带，修建由菩提樹下大街和夏洛滕堡大街组成的柏林“东西轴线”，连接起柏林东部政府区与西部商业和园林区。

1810年，柏林洪堡大学成立。从1837年起，普鲁士开始工业化进程，在柏林建立起西门子等工厂。1848年革命时，柏林也发生起义。

1862年，威廉一世任命俾斯麦为首相。1871年，柏林成为德意志帝国的首都。1894年，建筑师瓦洛特建造国会大厦。

到20世纪初，柏林已经在工业、经济和城市建设上达到伦敦、纽约和巴黎的水准，成为又一个世界性的政治、经济和文化中心。这期间柏林建造大量的道路、桥梁、地铁和车站建筑，兴建豪华的办公大楼和商业区、住宅区，在1900年，柏林人口已经达到270万。

第一次世界大战没有给柏林带来严重的破坏，但是在1919年柏林爆发工人起义和内战。1920年发生卡普暴动。同年4月27日，柏林同其周围的8个城镇、59个村庄合并为“大柏林”，柏林的人口一夜之间增长一倍，达到400万。在深受20年代经济危机之苦的同时，柏林也进入新思潮、新艺术层出不穷的时期，这段时期被称为柏林的“黄金的艺术年代”。

1933年1月30日，希特勒成为德国总理。同年2月27日发生国会纵火案。1936年在柏林举办第16屆奧運會，纳粹德国将其作为展示自己的橱窗。1938年的水晶之夜事件中，柏林发生打砸抢犹太人财产的事件。

1939年第二次世界大战爆发，希特勒幻想在战后将柏林建设为其欧洲帝国的首都，更名为“日耳曼尼亚”。他的御用建筑师斯佩尔为此设计庞大的沙盘模型。

第二次世界大战后期，由于盟军的空袭和苏联红军的进攻，柏林市遭到毁灭性的破坏。1943年11月22日，英国皇家空军派出764架轰炸机，展开大规模轰炸柏林的柏林大轟炸，炸毁东起蒂尔加滕和夏洛滕堡、西至施潘道和西门子施塔特的整片区域。从1943年11月到1944年2月，“柏林战役”一共对柏林发起13次大规模空袭，其中9次的轰炸规模在500架以上，摧毁柏林四分之一的市区，四郊和市区内的150多座电气、军火、通讯设备和轴承工厂，炸死1万多人，并使150万人无家可归。共計戰爭期間柏林市区20%的建筑被摧毁，其中50%的被毀建築位於市中心區域[1]，树木全部被砍光，水电系统也遭到破坏。

1945年4月16日，苏联红军调集22,000门大炮和白俄罗斯方面军的10个集团军，开始对柏林的总攻。5月1日苏联红军的旗帜插上勃兰登堡门和国会大厦。5月8日德国投降。

随着盟军在第二次世界大战中的胜利，不仅仅德国，而柏林也按照战前柏林的行政区界线被分成两个部分——由苏联控制的东柏林（范围包括战前23区中的12个区），以及由美国、英国、与法国控制的西柏林。柏林变成美苏冷战的聚集点。

1948年为了反对盟国在德国西部实行的货币改革，以及迫使盟军退出柏林，苏联对柏林展开长达半年的封锁。盟国通过柏林空运挫败苏联的企图。

1953年6月17日[2]，东柏林工人展开抗议生活水平下降而举行抗议，抗议不久即被苏联军队镇压下去。1958年11月10日，赫鲁晓夫宣称四大国对柏林的占领已经过时，要求美英法从西柏林撤军，并称6个月之内西柏林应当成为苏军可以自由进出的“自由城市”。

由于大量东德居民通过不设防的柏林分界线涌入西柏林和西德，1961年8月13日，东德建起柏林墙。10月25日，美軍坦克开到腓特烈大街南部的查理检查哨，试图进入东柏林，与90米开外的苏军坦克对峙16个小时。此后柏林成为东西方意识形态交锋的最前沿。

由于存在种种历史问题和制度上的缺陷，1989年，东欧国家民众掀起对社会主义和共产党政权的总抗议。1989年11月9日深夜，东德被迫宣布开放柏林墙。1990年10月3日，德国重新统一，柏林举行盛大的庆祝活动。柏林墙被拆除。

1991年，德国议会投票决定在2000年之前将首都从波恩迁回柏林。此后柏林展开大规模的重建工作。在国会大厦北面修建新的国会和总理府。以前是柏林墙脚下布满地雷的警戒地带的波茨坦广场重新成为柏林的商业中心。德国已经恢复其在欧洲的文化和经济中心地位。